Parallélisation d'une boucle for

Je veux paralléliser les forboucles du code suivant. Comment faire ça?

#!/bin/bash
N=$1 
n=$2
for (( i=1; i<=$N; i++ )); do
  min=100000000000000  //set min to some garbage value
  for (( j=1; j<=$n; j++ )); do
    val=$(/path/to/a.out)
    val2=`echo $val | bc`  

      if (( $val2 < $min )); then
        min=$val2; 
      fi
  done
  arr=("${arr[@]}" "$min")
done

#!/bin/bash
# set -x # debug version
N=${1:-123}
n=${2:-45}
workers=${workers:-${3:-10}}
((workers < 1)) && ((workers = 1))
((workers > 20)) && ((workers = 20))

((min=100000000000000))  #set min to some garbage value

work() {
  for i in ${*}; do
    for (( j=1; j<=${n}; j++ )); do
      val=$(/path/to/a.out)
      val2=$(echo ${val} | bc)
      (( val2 < min )) && (( min = val2 ));
    done
    echo ${min}
    # # debug version
    # echo ${i} ${j} ${min}
  done
}

# --
arr=($(
  seq ${N} | xargs -n$[N/workers + 1] | while read i; do
    work ${i} &
  done
  wait
))
echo ${arr[*]}
# --

# # debug version
# seq ${N} | xargs -t -n$[N/workers + 1] | while read i; do
#  work ${i} &
# done
# wait

Utilisez toujours des travailleurs lorsque vous générez un nombre paramétré de processus et limitez le nombre maximal de travailleurs pouvant apparaître .

xargs -n | while read est un moyen simple d'itérer des listes par lots.

• seq crée une liste de nombres de 1 à N.
• xargs -n divise cette liste en N / travailleurs + 1 lots.
  • Par exemple, N = 100 travailleurs = 10 produira 10 lignes de jusqu'à 11 numéros de 1 à 100.
• while read i lit chaque ligne de nombres.
• work ${i} &appelle simplement la workfonction avec un ${i}lot de nombres.

Pour déboguer, j'ai ajouté du code de débogage commenté. Remplacez simplement le echopar la version de débogage et le code entre # --par sa version de débogage et vous pouvez voir comment cela fonctionne sur des lots. Décommentez set -xpour une sortie de débogage plus détaillée que vous voudrez peut-être rediriger vers un fichier.

Exécutez simplement la version de débogage avec différents paramètres pour voir comment elle fonctionne:

parallel.sh 223 5 1
parallel.sh 223 5 5
parallel.sh 223 5 10
parallel.sh 223 5 20

Avertissement: ce code ne synchronise pas la minvaleur entre les processus de travail. L'obtention de la valeur minimale n'est pas un exercice horrible. Cela fera probablement:

parallel.sh 223 5 20 | tr ' ' '\n' | sort -n | head -1

Ou ajoutez simplement la même chose au script lui-même:

echo ${arr[*]} | tr ' ' '\n' | sort -n | head -1

Utilisation de GNU Parallel:

#!/bin/bash

N=$1
n=$2

arr=($(
# Generate all combinations of 1..n and 1..N
parallel -k --tag /path/to/a.out {1} {2} '|' bc :::: <(seq $N) <(seq $n) |
  perl -ane 'BEGIN{$min=1e30} $last||=$F[0]; if($F[0] != $last) {print $min,"\n";$min=1e30;$last=$F[0]} $min = $F[2]<$min ? $F[2] : $min; END {print $min,"\n"}'
))
echo ${arr[*]}

Cela fonctionnera /path/to/a.outsur chaque CPU. La sortie sera comme:

1 1 19269
1 2 6158
1 3 2794
1 4 25104
2 1 13160
2 2 32683
2 3 12535
2 4 15197
3 1 8228
3 2 7673
3 3 8428
3 4 24463

Le script perl regarde la première colonne et trouve le minimum dans la 3ème colonne qui a la même première colonne.

Vous pouvez installer GNU Parallel simplement en:

wget http://git.savannah.gnu.org/cgit/parallel.git/plain/src/parallel
chmod 755 parallel

Regardez les vidéos d'introduction pour en savoir plus: https://www.youtube.com/playlist?list=PL284C9FF2488BC6D1