Comment puis-je installer une nouvelle version de R dans mon propre répertoire, par exemple /local/data/project/behi
.
Comment puis-je installer une nouvelle version de R dans mon propre répertoire, par exemple /local/data/project/behi
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Réponses:
Pour ce faire, le moyen le plus simple consiste à installer R à partir du code source :
$ wget http://cran.rstudio.com/src/base/R-3/R-3.4.1.tar.gz
$ tar xvf R-3.4.1.tar.gz
$ cd R-3.4.1
$ ./configure --prefix=$HOME/R
$ make && make install
L'avant-dernière étape est la plus critique. Il configure R pour être installé dans un sous-répertoire de votre propre répertoire personnel.
Pour l’exécuter sur Linux, MacOS et des systèmes similaires, ajoutez-le $HOME/R/bin
à votre PATH
. Ensuite, les commandes shell aiment R
et Rscript
vont fonctionner.
Sur macOS, vous avez une autre alternative: construisezR.app
et installez-le dans le Applications
dossier privé de votre utilisateur . Pour ce faire, vous devez installer Xcode.
Vous pourriez envisager de donner à la --prefix=$HOME
place. Cela installe R au niveau supérieur de votre répertoire de base, de sorte que les fichiers binaires R
et Rscript
finissent dans $HOME/bin
, ce qui est probablement déjà dans votre utilisateur PATH
. L'inconvénient est que cela rend plus difficile la désinstallation ultérieure, car R serait mêlé à vos autres $HOME
contenus.
(S'il s'agit de la première chose que vous avez installée sur $HOME/bin
, vous devrez peut-être vous déconnecter puis vous reconnecter pour l'insérer dans votre ordinateur PATH
, car il est souvent ajouté de manière conditionnelle que s'il $HOME/bin
existe au moment de la connexion.)
Ce modèle général s’applique à un grand nombre de logiciels Unix que vous pouvez installer à partir du code source. Si le logiciel a un configure
script, il comprend probablement l' --prefix
option, sinon, il existe généralement une alternative ayant le même effet.
Ces fonctionnalités sont communes pour un certain nombre de raisons. Par ordre de probabilité décroissant, selon mon expérience:
Le coffre-fort default ( /usr/local
) n'est pas le droit $prefix
dans toutes les situations. Les circonstances pourraient dicter autre chose par exemple /usr
, /opt/$PKGNAME
etc.
Les systèmes de construction de paquets binaires ( RPM , DEB , PKG , Cygport , etc. ) construisent et installent généralement le paquet dans un répertoire de transfert spécial, puis le pack de manière à ce qu'il soit étendu à l'emplacement d'installation souhaité.
Votre cas, où vous ne pouvez pas root
installer le logiciel dans un emplacement typique, vous devez donc l’installer à la $HOME
place.
./configure --prefix=$HOME/R --enable-R-shlib
de vous assurer de compiler la bibliothèque partagée R. Sinon, RStudio se plaindra.
configure: error: --with-readline=yes (default) and headers/libs are not available make: *** No targets specified and no makefile found. Stop.
Vous pouvez également utiliser l'application wrapper Renv .
extrait
Gestion de version simple: Renv
Renv vous permet de basculer facilement entre plusieurs versions de R. Il s’agit d’une solution simple, discrète et conforme à la tradition UNIX d’outils à usage unique qui font bien les choses.
Renv fait…
- Vous permet de modifier la version globale R pour chaque utilisateur.
- Fournir un support pour les versions R par projet.
- Vous permet de remplacer la version R par une variable d’environnement.
Construire à partir de la source avec ./configure --prefix=/local/data/project/behi ; make ; make install
Si vous installez depuis un paquet RPM et que celui-ci a été créé, vous pouvez utiliser
rpm ... --prefix /local/data/project/behi
Mais tous les paquets ne sont pas construits avec des binaires déplaçables, et je ne pense pas que les paquets debian aient cette option (bien que vous puissiez réussir dpkg --instdir
).