Rechercher un modèle dans un fichier répertorié dans un autre

Je veux trouver des modèles répertoriés dans un fichier et les trouver dans un autre fichier. Le deuxième fichier a ces modèles séparés par des virgules.

par exemple, le premier fichier F1 contient des gènes

ENSG00000187546
ENSG00000113492  
ENSG00000166971

et le deuxième fichier F2 contient ces gènes ainsi que d'autres colonnes (cinq colonnes) dont j'ai besoin

 region     gene           chromosome  start       end

 intronic   ENSG00000135870 1   173921301   173921301
intergenic  ENSG00000166971(dist=56181),ENSG00000103494(dist=37091) 16 53594504    53594504
ncRNA_intronic  ENSG00000215231 5   5039185 5039185
intronic    ENSG00000157890 15  66353740    66353740

Le gène ENSG00000166971 qui est présent dans le deuxième fichier n'apparaît donc pas dans grep car il contient un autre gène, séparé par une virgule.

Mon code est:

grep -f "F1.txt" "F2.txt" >output.txt

Je veux ces valeurs même si l'une d'entre elles est présente et les données associées. Y a-t-il un moyen de le faire?

Quelle version greputilisez-vous? J'ai essayé votre code et obtenu les résultats suivants:

$ grep -f file1 file2
ENSG00000187546
ENSG00000113492
ENSG00000166971,ENSG00000186106

Si vous voulez juste que les résultats correspondent, vous pouvez utiliser greple -ocommutateur de pour signaler uniquement les éléments qui correspondent:

$ grep -o -f file1 file2 
ENSG00000187546
ENSG00000113492
ENSG00000166971

version grep

$ grep --version
grep (GNU grep) 2.14
Copyright (C) 2012 Free Software Foundation, Inc.
License GPLv3+: GNU GPL version 3 or later <http://gnu.org/licenses/gpl.html>.
This is free software: you are free to change and redistribute it.
There is NO WARRANTY, to the extent permitted by law.

Written by Mike Haertel and others, see <http://git.sv.gnu.org/cgit/grep.git/tree/AUTHORS>.

Des personnages errants dans F1.txt?

Lors du débogage, j'ai remarqué plusieurs espaces parasites à la fin de la 2e ligne du fichier F1.txt. Vous pouvez les voir en utilisant hexdump.

$ hexdump -C ff1
00000000  45 4e 53 47 30 30 30 30  30 31 38 37 35 34 36 0a  |ENSG00000187546.|
00000010  45 4e 53 47 30 30 30 30  30 31 31 33 34 39 32 20  |ENSG00000113492 |
00000020  20 0a 45 4e 53 47 30 30  30 30 30 31 36 36 39 37  | .ENSG0000016697|
00000030  31 0a                                             |1.|
00000032

Ils apparaissent avec des codes ASCII 20. Vous pouvez les voir en eux ici: 32 20 20 0a.