Je ne suis pas d'accord avec certaines des autres réponses. Il y a encore beaucoup de bibliothèques et de librairies incroyables et agréables, avec des gens passionnés et experts. La Fnac et Gibert ne sont pas si belles à visiter, mais pourquoi pas.
Gibert peut être un peu intéressant, car il est grand et a beaucoup de livres et de thèmes (ils n'ont pas "réduit de manière assez drastique" comme l'a dit @jcaron). Et leurs employés peuvent être assez bons.
Les belles boutiques historiques n'ont pas fermé, la grande majorité sont toujours là, debout. Leurs employés ont une grande connaissance de la littérature et des livres récents, anciens et spécialisés la plupart du temps, ce qui n'est pas le cas dans les supermarchés comme la fnac.
Pour la philosophie, J.Vrin , fondé en 1911 près de la Sorbonne est très sympa, avec une bonne ambiance, tous les classiques et une publication récente en philosophie. Ils ont 3 magasins près de la Sorbonne. Leurs fournisseurs sont tous des experts de ce que j'ai vu.
La Librairie Delamain , dite la plus ancienne de Paris (fondée en 1700, déplacée en 1900) est un monument historique et est toujours ouverte. Il était fréquenté par des auteurs et présidents de France très connus (Coctau, Aragon, Miterrand). Magnifique.
Galignani, fondée en 1911, a un joli décor et une atmosphère des années 1930. Vendeurs avertis et livres classiques étrangers et français. Beaucoup de livres d'art.
Il y a des dizaines d'endroits merveilleux comme ceux-ci. Ici vous pouvez trouver plus.
Je recommande personnellement l'écume des pages (près de Saint-Germain) et l'arbre du voyageur (près de Mouffetard). La compagnie du livre près de la Sorbonne est également très intéressante.
Le prix des livres neufs / inutilisés est le même partout en France donc pas de raison d'aller dans les supermarchés moches avec moins de livres que les classiques, merveilleuses bibliothèques pour le même prix imo.
Pour les bandes dessinées et la bande dessinée européenne, les boutiques d'albums sont vraiment cool, beaucoup de choix et les vendeurs sont sympas et connaissent leur métier :)