problème avec l'installation de RODBC dans Ubuntu

J'ai un problème avec certains en-têtes manquants lorsque j'essaie d'installer RODBC dans R sur mon linux. Quelqu'un peut-il m'aider avec ce problème?

> install.packages("RODBC")

Installing package(s) into ‘/home/administrator/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.12’
(as ‘lib’ is unspecified)

trying URL 'http://cran.cnr.Berkeley.edu/src/contrib/RODBC_1.3-2.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 1108358 bytes (1.1 Mb)

opened URL
==================================================
downloaded 1.1 Mb

* installing *source* package ‘RODBC’ ...
checking for gcc... gcc
checking for C compiler default output file name... a.out
checking whether the C compiler works... yes
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of executables... 
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C compiler... yes
checking whether gcc accepts -g... yes
checking for gcc option to accept ANSI C... none needed
checking how to run the C preprocessor... gcc -E
checking for egrep... grep -E
checking for ANSI C header files... yes
checking for sys/types.h... yes
checking for sys/stat.h... yes
checking for stdlib.h... yes
checking for string.h... yes
checking for memory.h... yes
checking for strings.h... yes
checking for inttypes.h... yes
checking for stdint.h... yes
checking for unistd.h... yes
checking sql.h usability... no
checking sql.h presence... no
checking for sql.h... no
checking sqlext.h usability... no
checking sqlext.h presence... no
checking for sqlext.h... no
configure: error: "ODBC headers sql.h and sqlext.h not found"
ERROR: configuration failed for package ‘RODBC’
* removing ‘/home/administrator/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.12/RODBC’
Warning in install.packages :
  installation of package 'RODBC' had non-zero exit status

The downloaded packages are in
    ‘/tmp/RtmpqfNYpD/downloaded_packages’

Comme Dirk l'a dit dans les commentaires, si vous avez déjà installé r-cran-rodbc, il n'est pas nécessaire d'exécuter install.packages () à partir de R. "library (RODBC)" devrait charger le paquet.

Plus généralement, lorsque vous voyez des erreurs concernant les en-têtes, c'est parce qu'une bibliothèque de développement requise n'est pas installée. La solution consiste à rechercher sur le Web en utilisant les noms des fichiers d'en-tête manquants ( par exemple Google pour "sqlext.h ubuntu"), pour identifier le package requis. Dans ce cas, vous avez besoin de libiodbc2-dev. Alors:

sudo apt-get install libiodbc2-dev

Ensuite, l'installation dans R devrait fonctionner.

Avez-vous vraiment besoin de construire à partir des sources? Pourquoi n'utilisez-vous pas le paquet binaire?

Alors essayez peut-être ceci à la place:

  sudo apt-get install r-cran-rodbc

ou utilisez l'une des interfaces graphiques du système de gestion des packages.

Après avoir tenté d'installer des packages à partir de toutes les solutions de ce site et d'autres, j'ai réussi à créer le RODBCpackage en utilisant:

sudo apt-get install unixodbc unixodbc-dev

J'ai également installé:

• libiodbc2-dev
• libmyodbc
• odbc-postgresql

FWIW, j'ai eu le même problème ("En-têtes ODBC sql.h et sqlext.h non trouvés") sur OS X, et l'ai résolu en installant unixodbc ( brew install unixodbc)

RODBC dépend de R (> = 3.0.0 (voir par exemple https://cran.r-project.org/web/packages/RODBC/RODBC.pdf )

Votre bibliothèque de packages locale ...

Installing package(s) into '/home/administrator/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.12'

... suggère que vous pourriez avoir une ancienne version de R installée (2.12). Si tel est le cas, essayez de passer à une version récente de R.

J'ai aussi eu ce problème. Pour moi, la solution était qu'il me manquait certaines dépendances Ubuntu telles que

• unixodbc (> = 2.2.11)
• libmyodbc
• odbc-postgresql

Il est à noter que install.packages("RODBC", dependencies=TRUE)ne pas ramasser ces paquets. Ils se trouvent en dehors de Rlui-même.