Tant que vous téléchargez les fichiers en utilisant le FTP classique et ouvrez / modifiez les fichiers dans un éditeur de texte ou HTML uniquement (pas de fonction WYSIWYG / aperçu!), Cela est totalement inoffensif. Regarder le fichier dans un éditeur de texte n'est pas dangereux, l'exécuter dans un navigateur l'est.
Obtenez les dernières mises à jour de sécurité pour le navigateur que vous utiliserez pour consulter les pages - via Windows Update pour IE, ou simplement en téléchargeant la dernière version de Firefox, Chrome ou autre. Je recommanderais Firefox en raison de sa barre d'outils Web Developer.
Pour être sûr à 100% lors de l'édition dans un éditeur WYSIWYG et pour tester les pages nettoyées dans un navigateur (si vous avez un Joomla local à tester), vous pouvez déconnecter l'ordinateur d'Internet pendant l'édition.
Pour tester une page que vous nettoyez, pensez également à désactiver JavaScript, par exemple en utilisant la barre d'outils des développeurs Web dans Firefox.
De plus, avoir un antivirus en arrière-plan n'est pas une mauvaise idée.
Notez que vous devez vraiment vérifier chaque ressource sur le site, chaque page HTML et fichier JavaScript.
Cependant, n'oubliez pas de résoudre d'abord le problème réel - la vulnérabilité qui a rendu l'injection possible! Je suppose que d'après ce que vous écrivez, cela a déjà été trié, mais assurez-vous de savoir où le cambriolage s'est produit.
Au minimum, changez tous les mots de passe pour tous les comptes liés à l'hébergement Web (FTP, Panneau de configuration, etc.).
L'article de Google Webmaster Blog My Site a été piraté - et maintenant? est toujours aussi une bonne lecture. Il décrit également comment obtenir le site réindexé rapidement avec Google.