La réponse que vous recherchez se compose de deux parties:
1) Un contrôleur matériel
2) Un système de fichiers
Comme vous l'avez dit, dans un disque dur (contrairement à d'autres technologies comme les SSD), les données réelles sont écrites sur des plaques métalliques rondes sous la forme d'anneaux circulaires concentriques contenant un champ magnétique à motifs. Au-dessus des plateaux qui contiennent ces données se trouve la tête d'écriture qui se déplace pour lire et écrire des données, un peu comme une platine vinyle. Les plateaux sur lesquels il se déplace sont attachés à un moteur électrique qui contrôle leur rotation.
Un contrôleur matériel sert d'interface entre le système d'exploitation et le disque dur. Le contrôleur peut lire la position de la tête d'écriture ainsi que la rotation des plateaux et utilise ces informations pour décider comment positionner la tête et les plateaux pour la lecture et l'écriture. Il convertit les demandes de lecture et d'écriture du système d'exploitation en signaux de commande qui déplacent la tête d'écriture et font tourner les plateaux, ainsi que convertit les données parallèles provenant du système d'exploitation en une seule ligne de données série. Il divise également cette ligne série et décide de l'emplacement physique ou du secteur dans lequel placer chaque pièce et enregistre ces informations d'une manière spécifiée par le système de fichiers.
Le système de fichiers est une spécification de comment et où stocker les données. Le système d'exploitation de l'ordinateur sait comment interpréter ce système de fichiers et utilise ces connaissances pour communiquer correctement avec le contrôleur matériel, dans ce cas, décomposant les anneaux circulaires de données en segments utilisables appelés secteurs et indiquant au système de fichiers où ces secteurs sont physiquement situés. Le système de fichiers donne à chaque secteur une adresse, qui est juste un numéro unique, et cette adresse est traduite par le contrôleur matériel dans une rotation de plateau spécifique et une position de tête de lecture pour commencer la lecture ou l'écriture.
Pour plus d'informations, les sections suivantes de ces articles Wikipedia sont très utiles:
Voir Intro et section 3.1 "Gestion de l'espace" ici:
https://en.wikipedia.org/wiki/File_system
Voir la section 2.1 "Enregistrement magnétique" ici:
https://en.wikipedia.org/wiki/Hard_disk_drive#Magnetic_recording