Quel test statistique doit être utilisé pour tester l'enrichissement des listes de gènes?

J'ai effectué une expérience pour tester la sensibilité cellulaire à un certain agent de dégradation de l'ADN. Nous avons trouvé 270 gènes qui étaient spécifiquement sensibles au médicament et le nombre total de gènes analysés était de 3668. 38 des 270 gènes sensibles sont classés comme «gènes de réparation de l'ADN». Si le nombre de "gènes de réparation de l'ADN" contenus dans le génome est de 112 et que le nombre total de gènes dans le génome est de 3668, les gènes sensibles sont-ils enrichis en gènes de réparation de l'ADN? Quel test statistique doit être utilisé? J'apprécierais si vous pouviez également me dire un outil pour calculer la valeur de p en ligne.

La pratique standard pour tester l'enrichissement des listes de gènes est de faire un test hypergéométrique ou, de manière équivalente, un test exact unilatéral de Fisher . Vous disposez du tableau de contingence suivant:$2\times2$

Vous pouvez effectuer le test Rcomme suit:

fisher.test(matrix(c(38,74,232,3324),nrow=2,ncol=2),alternative="greater")

Ce qui donne un résultat très significatif:

Fisher's Exact Test for Count Data

data:  matrix(c(38, 74, 232, 3324), nrow = 2, ncol = 2) 
p-value < 2.2e-16
alternative hypothesis: true odds ratio is greater than 1 
95 percent confidence interval:
5.062107      Inf 
sample estimates:
odds ratio 
7.34918

Notez que lorsque nous testons la surreprésentation (plutôt que la sous-représentation), le alternativeparamètre est défini sur "greater".