Si c'est un projet personnel, je dis stocker les paramètres dans le contrôle de source. Personnellement, rien ne tue plus ma motivation pour un projet que de reconstituer un environnement de développement.
Quand plus de gens sont impliqués, je ne mets pas ces choses en contrôle de source. Dans mon équipe, nous utilisons un mélange d'IntelliJ, Sublime Text et Eclipse. Les fichiers IDE ajoutent simplement de l'encombrement et entraînent des commits dans ces fichiers provenant d'autres personnes pour un IDE que vous n'utilisez pas.
De plus, votre projet ne devrait de toute façon pas dépendre de l'IDE. Un serveur de build ne démarrera pas Eclipse pour compiler votre produit, il devrait donc déjà être sans IDE. Un point plus mineur: il élimine l'organisation personnelle au sein du projet. Par exemple, dans IntelliJ, j'aime utiliser de nombreux modules dans notre projet. Personne d'autre utilisant IntelliJ ne s'en inquiète car nous ne stockons pas les fichiers .iml (module).
Si votre équipe utilise le même IDE, c'est mieux, mais quelqu'un valide une mauvaise entrée .classpath car il a utilisé un chemin absolu. Désormais, tous ceux qui utilisent l'EDI s'en inquiètent.
Bien sûr, l'inconvénient est qu'il y a plus de configuration lorsque quelqu'un vérifie le projet. Je pense que ca vaut la peine. Nous utilisons Ivy pour la gestion des dépendances et avons des informations sur la configuration, les dépendances, etc. Malgré ce coût initial, je pense que cela vaut la peine de garder les paramètres IDE hors du contrôle des sources.