Je vous suggère de lire cet article qui, je pense, explique assez bien pourquoi l'extension d'objets est une mauvaise idée, en ce qui concerne Prototype également.
En résumé:
Manque de spécifications
L'exposition des "objets prototypes" ne fait partie d'aucune spécification. [...] Pour que l'implémentation soit entièrement conforme au DOM niveau 2, il n'est pas nécessaire d'exposer ces objets Node, Element, HTMLElement, etc. globaux.
Les objets hôtes n'ont pas de règles
Les objets DOM sont des objets hôtes [...] Les objets hôtes peuvent implémenter ces méthodes internes avec n'importe quel comportement dépendant de l'implémentation, ou il se peut qu'un objet hôte implémente uniquement certaines méthodes internes et pas d'autres.
[...] Le comportement des méthodes internes dépend de l'implémentation. [...] Par définition, vous travaillez avec quelque chose qui peut se comporter de manière imprévisible et complètement erratique.
Risque de collisions
Étant donné la grande quantité d'environnements utilisés aujourd'hui, il devient impossible de dire si certaines propriétés ne font pas déjà partie de certains DOM. [...]
Toutes les propriétés d'ombres de contrôle de formulaire nommées héritées de la chaîne de prototypes. Le risque de collisions et d'erreurs inattendues sur les éléments de formulaire est encore plus élevé.
L'utilisation d'une sorte de stratégie de préfixe peut atténuer le problème. Mais cela apportera probablement aussi du bruit supplémentaire.
Frais généraux de performance
[...] les navigateurs qui ne prennent pas en charge les extensions d'éléments - comme IE 6, 7, Safari 2.x, etc. - nécessitent une extension d'objet manuelle. Le problème est que l'extension manuelle est lente, peu pratique et n'est pas évolutive.
[...] une fois que vous commencez à étendre des éléments, l'API de bibliothèque doit très probablement renvoyer des éléments étendus partout. Par conséquent, des méthodes de requête telles que $$ pourraient finir par étendre chaque élément d'une requête.
IE DOM est un gâchis
Comme indiqué dans la section précédente, l'extension DOM manuelle est un gâchis. Mais l'extension DOM manuelle dans IE est encore pire [...]
Bonus: les bugs du navigateur
for(var ... in ...)
boucles sont gâchées car les fonctions prototypes sont également passées.