Les réponses de Matthew Ife et de shodanshok couvrent les problèmes en général, mais je veux répondre à votre préoccupation spécifique en mettant les problèmes en contexte, car c'est exactement ce genre de systèmes que je gère.
Ma version actuelle pour déployer des applications Web PHP / MySQL est la suivante:
Voyons d'abord pourquoi nous choisissons une distribution ou un ensemble de packages particulier. Soit nous privilégions la stabilité par rapport aux dernières fonctionnalités, soit nous privilégions les dernières fonctionnalités à la stabilité. Il n'est généralement pas possible d'avoir les deux dans la même distribution, car le logiciel de stabilisation nécessite du temps pour corriger les bogues, et l'ajout de nouvelles fonctionnalités introduit des bogues, donc de l'instabilité.
En règle générale, je veux que le système d'exploitation sur lequel l'application s'exécute soit aussi stable que possible, mais avec un ensemble de fonctionnalités raisonnablement moderne. Je vais donc choisir CentOS 7 plutôt que CentOS 6, ce qui est assez ancien à ce stade, et bien que cela fonctionne , il ne reste pas autant de temps dans son cycle de vie de support, donc je ne l'utiliserai pas pour un nouveau projet .
Cependant, j'ai ensuite rencontré le problème que la version de nginx incluse avec CentOS était trop ancienne et n'avait pas certaines fonctionnalités requises et corrections de bugs. Je suis donc allé à la recherche de packages alternatifs et j'ai découvert que nginx.org distribuait le leur. Je suis passé à eux presque immédiatement et les ai trouvés parfaitement stables sur le long terme.
Ensuite, il y a PHP. Je sais par histoire que la version de PHP livrée avec CentOS sera la seule version jamais obtenue, et ne recevra que des mises à jour de sécurité; aucune nouvelle fonctionnalité ni correction de bogue. Ainsi, une fois qu'il ne sera plus pris en charge en amont, je serai finalement incapable d'exécuter des applications Web PHP modernes si j'utilise ces packages. Il est donc nécessaire de les remplacer également.
De longue expérience, j'ai appris qu'il est préférable de suivre les versions de correctifs de bogues avec PHP, pas simplement de geler à un moment donné et de ne prendre que des correctifs de sécurité, car les applications Web que j'exécute seront également mises à jour et auront besoin de ces corrections de bogues. Donc, après avoir évalué de nombreux ensembles de packages PHP, je me suis installé sur les pacakges de remi. Remi se trouve être un employé de Red Hat et est également responsable des packages PHP dans RHEL / CentOS. Je sais donc que ses colis seront de haute qualité, et ils l'ont été. Ils remplacent directement les packages système et fonctionnent parfaitement.
Enfin, nous arrivons à MariaDB. Vous pouvez choisir de conserver les packages système ici et de ne subir aucun effet indésirable. J'ai choisi de passer aux packages 10.0 de MariaDB (et je passerai bientôt à 10.1) pour profiter de TokuDB et de certaines autres améliorations de performances non disponibles dans la version 5.5 livrée avec CentOS, et pour lesquelles il ne recevra jamais de mises à niveau majeures.
Dans l'ensemble, vous avez besoin de stabilité dans votre système de base, mais les applications Web changent beaucoup plus rapidement que, disons, les logiciels métier, et votre serveur devra suivre. J'ai donc choisi des points ciblés où la mise à niveau des packages gagnera clairement en avantages avec peu de frais administratifs supplémentaires (aka travail).
/usr/localou similaire.