Réponses:
Le script suivant sera exécuté le 1er janvier, avril, juillet et octobre à 03h30.
30 03 01 Jan,Apr,Jul,Oct * /path/to/script
Alternativement, mais moins évident
30 03 01 */3 * /path/to/script
Courra tous les trois mois à 3h30 le 1er janvier, avril, juillet et octobre.
*/3
tous les quatre mois (12/3 = 4)?
Wikipedia a une bonne explication sur la façon de configurer Cron.
Dans votre cas particulier, vous pouvez exécuter une expression Cron à exécuter tous les 3 mois. Modifiez évidemment les mois en fonction de votre emploi du temps.
0 0 1 JAN,APR,JUL,OCT * /path/to/script.bash