Le mode de transfert "binaire" de FTP copie les fichiers exactement, octet par octet. Simple et direct.
Cependant, lorsque vous importez des fichiers texte entre différents systèmes d'exploitation, ce n'est peut-être pas ce que vous voulez - différents systèmes d'exploitation utilisent des codes différents pour représenter les sauts de ligne. Le mode "ASCII" existe à cet effet: il traduit automatiquement toutes les fins de ligne du format du système source vers celui de destination.
Pas sûr de "Auto", mais j'imagine qu'il semble que l'extension du fichier ou quelque chose de similaire pour décider s'il s'agit d'un fichier texte, et essaie de deviner le mode approprié.
Le mode que vous voulez dépend exactement de ce que vous faites avec les fichiers ... si vous les copiez simplement pour les sauvegarder, vous voudrez probablement copier en mode binaire afin qu'ils soient exactement les mêmes lorsque vous les restaurez plus tard sur le serveur Windows. S'ils doivent être utilisables en tant que fichiers texte (peut-être en tant que fichiers de configuration pour un programme multiplateforme?) Des deux côtés, vous voudrez utiliser le mode ASCII pour les traduire.
EDIT: Pour autant que je peux dire, les fichiers FTPing de Windows à Linux ne devrait jamais entraîner des sauts de ligne disparaître ... cependant , si vous les copiez en mode ASCII, puis les ramener en arrière au serveur Windows en mode binaire, Linux les fins de ligne de style peuvent ne pas être reconnues sur la boîte Windows. (Le bloc-notes ne les verra pas; Wordpad le verra; YMMV avec d'autres logiciels.)
(Aujourd'hui, une telle commodité - convertir automatiquement les fins de ligne - peut sembler étrange dans un protocole de base tel que FTP. Cependant, lorsque FTP a été inventé, l'envoi de fichiers texte était la norme, et l'un des objectifs du protocole était de faire c'est aussi simple que possible.)