Je voudrais décharger un paquet sans avoir à redémarrer R (principalement parce que redémarrer R alors que j'essaye différents paquets conflictuels devient frustrant, mais il est concevable que cela puisse être utilisé dans un programme pour utiliser une fonction puis une autre - bien que l'espace de noms le référencement est probablement une meilleure idée pour cette utilisation).

?library n'affiche aucune option permettant de décharger un package.

Il existe une suggestion qui detachpeut décharger le package, mais les deux suivantes échouent:

detach(vegan)

Erreur dans detach(vegan): nameargument non valide

detach("vegan")

Erreur dans detach("vegan"): nameargument non valide

Alors, comment puis-je décharger un colis?

Essayez ceci (voir ?detachpour plus de détails):

detach("package:vegan", unload=TRUE)

Il est possible d'avoir plusieurs versions d'un package chargées à la fois (par exemple, si vous avez une version de développement et une version stable dans différentes bibliothèques). Pour garantir que toutes les copies sont détachées, utilisez cette fonction.

detach_package <- function(pkg, character.only = FALSE)
{
  if(!character.only)
  {
    pkg <- deparse(substitute(pkg))
  }
  search_item <- paste("package", pkg, sep = ":")
  while(search_item %in% search())
  {
    detach(search_item, unload = TRUE, character.only = TRUE)
  }
}

L'utilisation est, par exemple

detach_package(vegan)

ou

detach_package("vegan", TRUE)

Vous pouvez également utiliser la unloadNamespacecommande, comme dans:

unloadNamespace("sqldf")

La fonction détache l'espace de noms avant de le décharger.

Vous pouvez décocher la case à cocher dans RStudio (packages).

J'ai essayé ce que kohske a écrit comme réponse et j'ai encore eu une erreur, alors j'ai fait une recherche et j'ai trouvé cela qui fonctionnait pour moi (R 3.0.2):

require(splines) # package
detach(package:splines)

ou aussi

library(splines)
pkg <- "package:splines"
detach(pkg, character.only = TRUE)

Lorsque vous effectuez des allers-retours entre les scripts, il peut parfois être nécessaire de décharger un package. Voici une simple instruction IF qui empêchera les avertissements qui s'afficheraient si vous tentiez de décharger un paquet qui n'était pas actuellement chargé.

if("package:vegan" %in% search()) detach("package:vegan", unload=TRUE) 

L'inclure en haut d'un script peut être utile.

J'espère que cela fait votre journée!

detach(package:PackageName) fonctionne et il n'est pas nécessaire d'utiliser des guillemets.

Vous pouvez essayer tout ce que vous voulez supprimer un package (et toutes les dépendances qu'il a apportées en même temps) en utilisant, unloadNamespace()mais l' empreinte mémoire persistera. Et non, detach("package:,packageName", unload=TRUE, force = TRUE)ça ne marchera pas non plus.

À partir d'une nouvelle console ou Session > Restart Rvérifiez la mémoire avec le pryrpackage:

pryr::mem_used()

# 40.6 MB   ## This will depend on which packages are loaded obviously (can also fluctuate a bit after the decimal)

Vérifier mon sessionInfo()

R version 3.6.1 (2019-07-05)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 10 x64 (build 17763)

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=English_Canada.1252  LC_CTYPE=English_Canada.1252    LC_MONETARY=English_Canada.1252 LC_NUMERIC=C                   
[5] LC_TIME=English_Canada.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.6.1   pryr_0.1.4       magrittr_1.5     tools_3.6.1      Rcpp_1.0.3       stringi_1.4.3    codetools_0.2-16 stringr_1.4.0   
[9] packrat_0.5.0   

Chargeons le Seuratpackage et vérifions la nouvelle empreinte mémoire :

library(Seurat)
pryr::mem_used()

# 172 MB    ## Likely to change in the future but just to give you an idea

Utilisons unloadNamespace()pour tout supprimer:

unloadNamespace("Seurat")
unloadNamespace("ape")
unloadNamespace("cluster")
unloadNamespace("cowplot")
unloadNamespace("ROCR")
unloadNamespace("gplots")
unloadNamespace("caTools")
unloadNamespace("bitops")
unloadNamespace("fitdistrplus")
unloadNamespace("RColorBrewer")
unloadNamespace("sctransform")
unloadNamespace("future.apply")
unloadNamespace("future")
unloadNamespace("plotly")
unloadNamespace("ggrepel")
unloadNamespace("ggridges")
unloadNamespace("ggplot2")
unloadNamespace("gridExtra")
unloadNamespace("gtable")
unloadNamespace("uwot")
unloadNamespace("irlba")
unloadNamespace("leiden")
unloadNamespace("reticulate")
unloadNamespace("rsvd")
unloadNamespace("survival")
unloadNamespace("Matrix")
unloadNamespace("nlme")
unloadNamespace("lmtest")
unloadNamespace("zoo")
unloadNamespace("metap")
unloadNamespace("lattice")
unloadNamespace("grid")
unloadNamespace("httr")
unloadNamespace("ica")
unloadNamespace("igraph")
unloadNamespace("irlba")
unloadNamespace("KernSmooth")
unloadNamespace("leiden")
unloadNamespace("MASS")
unloadNamespace("pbapply")
unloadNamespace("plotly")
unloadNamespace("png")
unloadNamespace("RANN")
unloadNamespace("RcppAnnoy")
unloadNamespace("tidyr")
unloadNamespace("dplyr")
unloadNamespace("tibble")
unloadNamespace("RANN")
unloadNamespace("tidyselect")
unloadNamespace("purrr")
unloadNamespace("htmlwidgets")
unloadNamespace("htmltools")
unloadNamespace("lifecycle")
unloadNamespace("pillar")
unloadNamespace("vctrs")
unloadNamespace("rlang")
unloadNamespace("Rtsne")
unloadNamespace("SDMTools")
unloadNamespace("Rdpack")
unloadNamespace("bibtex")
unloadNamespace("tsne")
unloadNamespace("backports")
unloadNamespace("R6")
unloadNamespace("lazyeval")
unloadNamespace("scales")
unloadNamespace("munsell")
unloadNamespace("colorspace")
unloadNamespace("npsurv")
unloadNamespace("compiler")
unloadNamespace("digest")
unloadNamespace("R.utils")
unloadNamespace("pkgconfig")
unloadNamespace("gbRd")
unloadNamespace("parallel")
unloadNamespace("gdata")
unloadNamespace("listenv")
unloadNamespace("crayon")
unloadNamespace("splines")
unloadNamespace("zeallot")
unloadNamespace("reshape")
unloadNamespace("glue")
unloadNamespace("lsei")
unloadNamespace("RcppParallel")
unloadNamespace("data.table")
unloadNamespace("viridisLite")
unloadNamespace("globals")

Maintenant, vérifiez sessionInfo():

R version 3.6.1 (2019-07-05)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 10 x64 (build 17763)

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=English_Canada.1252  LC_CTYPE=English_Canada.1252    LC_MONETARY=English_Canada.1252 LC_NUMERIC=C                   
[5] LC_TIME=English_Canada.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] tools_3.6.1       stringr_1.4.0     rstudioapi_0.10   pryr_0.1.4        jsonlite_1.6      gtools_3.8.1      R.oo_1.22.0      
 [8] magrittr_1.5      Rcpp_1.0.3        R.methodsS3_1.7.1 stringi_1.4.3     plyr_1.8.4        reshape2_1.4.3    codetools_0.2-16 
[15] packrat_0.5.0     assertthat_0.2.1 

Vérifiez l' empreinte mémoire :

pryr::mem_used()

# 173 MB

Lien vers la démonstration de la capture d'écran

Je voudrais ajouter une solution alternative. Cette solution ne répond pas directement à votre question sur le déchargement d' un paquet mais, à mon humble avis, fournit une alternative plus propre pour atteindre votre objectif souhaité, ce que je comprends, est largement soucieux d'éviter les conflits de noms et d'essayer différentes fonctions, comme indiqué:

principalement parce que le redémarrage de R alors que j'essaye des packages différents et conflictuels devient frustrant, mais il est concevable que cela puisse être utilisé dans un programme pour utiliser une fonction puis une autre - bien que le référencement de l'espace de noms soit probablement une meilleure idée pour cette utilisation

Solution

La fonction with_packageofferte via le withrpackage offre la possibilité de:

attachez un package au chemin de recherche, exécute le code, puis supprime le package du chemin de recherche. Cependant, l' espace de noms du package n'est pas déchargé.

Exemple

library(withr)
with_package("ggplot2", {
  ggplot(mtcars) + geom_point(aes(wt, hp))
})
# Calling geom_point outside withr context 
exists("geom_point")
# [1] FALSE

geom_pointutilisé dans l'exemple n'est pas accessible à partir de l'espace de noms global. Je pense que cela peut être une façon plus propre de gérer les conflits que de charger et décharger des paquets.

Notez également que vous ne pouvez l'utiliser unload()qu'une seule fois. Si vous l'utilisez une deuxième fois sans library()réexécution, vous obtiendrez l' argument «nom» non valide du message d'erreur peu informatif :

library(vegan)
#> Loading required package: permute
#> Loading required package: lattice
#> This is vegan 2.5-6
detach("package:vegan",  unload=TRUE)
detach("package:vegan",  unload=TRUE)
#> Error in detach("package:vegan", unload = TRUE): invalid 'name' argument

^{Créé le 2020-05-09 par le package reprex (v0.3.0)}

Accédez simplement à la fenêtre SORTIE, puis cliquez sur l'icône Packages (elle est située entre les icônes Plot et Help ). Supprimez " coche / coche " du paquet que vous souhaitez décharger.

Pour utiliser à nouveau le package, mettez simplement une " coche ou une coche " devant le package ou utilisez:

library (lme4)

Une autre option est

devtools::unload("your-package")

Apparemment, cela traite également du problème des méthodes S3 enregistrées qui ne sont pas supprimées avecunloadNamespace()