Non, à l'intérieur du dossier vues n'est pas bon.
Regardez: Vous devez avoir 3 dossiers de base sur votre projet:
system // Ceci est le cadre CI il n'y a pas beaucoup de raisons de toucher à ces fichiers
application // c'est là que va votre logique, les fichiers qui font l'application ,
public // cela doit être votre documentroot
Pour des raisons de sécurité, il est préférable de garder votre framework et l'application en dehors de votre racine de document, (public_html, htdocs, public, www ... etc)
À l'intérieur de votre dossier public, vous devez mettre vos informations publiques, ce que les navigateurs peuvent voir, il est courant de trouver les dossiers: images, js, css; votre structure sera donc:
|- system/
|- application/
|---- models/
|---- views/
|---- controllers/
|- public/
|---- images/
|---- js/
|---- css/
|---- index.php
|---- .htaccess