Conda introuvable après la mise à niveau vers macOS Catalina


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Je viens de mettre à jour mon MacBook vers Catalina. Après la mise à jour, zsh ne peut plus trouver. En fait, dans mon .zshrc j'avais:

export PATH=/anaconda3/bin:$PATH

Cependant, le chemin / anaconda3 / bin n'existe plus. Est-ce à dire que j'ai perdu tout mon environnement?


Apple attaque les utilisateurs open source, et en particulier les utilisateurs de Machine Learning et de Data Science. Il semble y avoir une solution qui sera bientôt disponible ... mais jusqu'à présent, vous êtes coincé avec le hack ci-dessous.
linhares

Réponses:


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Vous pouvez trouver l'ensemble de l'environnement anaconda3 dans un lien de raccourci nommé «Éléments déplacés» sur votre bureau. Il semble que la mise à niveau vers Catalina ne permette pas à l'environnement Conda d'être installé sous un répertoire utilisateur qui a probablement à voir avec le déplacement du nouveau volume système vers une partition en lecture seule.

Ce problème a été ouvert dès le 10 juin, je suis un peu déçu qu'il n'ait pas été résolu avant la mise à niveau de Catalina.

Il existe une solution qui semble fonctionner sans perdre votre environnement, voir ce lien: https://github.com/ContinuumIO/anaconda-issues/issues/10998#issuecomment-539215005

Depuis le lien:

  1. Copiez le dossier anaconda3 situé dans Éléments déplacés vers / Users / myname /

  2. Terminal ouvert

  3. Entrer: export PATH='/Users/myname/anaconda3/bin:$PATH'

  4. Entrer: conda init zsh


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Après avoir suivi les étapes pour déplacer le anaconda3répertoire, j'ai constaté que le jupyter notebooknoyau se bloquait. J'ai dû modifier manuellement les arguments du lanceur dans /Users/[myusername]/Library/Jupyter/kernels/python3/kernel.json.
C. Braun

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Cela ne fonctionne pas pour moi, je reçois toujours une zsh: /Users/me/anaconda3/bin/conda: bad interpreter: /anaconda3/bin/python: no such file or directoryerreur lorsque je cours conda init zsh. Y at-il autre chose que je puisse faire?
Kyle Frye

Je pense que la commande d'exportation a besoin de guillemets doubles, export PATH="/Users/myname/anaconda3/bin:$PATH"autrement, $PATHelle ne sera pas remplacée correctement et tous vos anciens emplacements de chemin disparaîtront
codebox

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pour le problème rencontré par Kyle, vous devez remplacer la première ligne du fichier anaconda3 / bin / conda par #! / Users / <my_user> / anaconda3 / bin / python
Talik

J'ai essayé tout ça, ça n'a pas marché. Après avoir essayé cela, j'ai littéralement entré / Users / <mon nom d'utilisateur> / anaconda3 / bin et j'ai double-cliqué sur le fichier activate
JOSE DANIEL FERNANDEZ

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Anaconda a publié un article de blog sur la question. Il semble y avoir deux options principales:

  1. Réinstallation: pour l'instant uniquement le programme d'installation du shell (vous devrez attendre le nouveau programme d'installation si vous comptez plutôt sur l'interface graphique).

  2. Réparation (expérimentale): vous permettra de réparer votre ancienne installation et de conserver tous vos anciens environnements

Vous pouvez consulter le site Web d'Anaconda pour plus d'informations.


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La réinstallation n'a pas fonctionné pour moi! jupyter ne s'ouvre pas! un éditeur apparaît
OverFlow Police

J'ai installé Anaconda en utilisant l'installation en ligne de commande , en suivant les étapes expliquées dans ce lien . Ça a marché pour moi.
Kaymal

J'ai fait de même aussi. il n'a pas.
OverFlow Police du

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J'ai suivi toutes les instructions du blog et cela a fonctionné pour moi!
gaya

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Si vous utilisez zsh, le programme d'installation de conda ajoute un script d'initialisation conda à la fin de votre ~/.bash_profilefichier. Vous devez le copier et le coller dans votre ~/.zshrcfichier.


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Aucune des réponses existantes n'a fonctionné pour moi, mais celle-ci fonctionne.

  1. Téléchargez l'outil de remplacement de préfixe autonome anaconda sur https://repo.anaconda.com/pkgs/misc/cpr-exec/cpr-0.1.1-osx-64.exe et rendez-le exécutable:

    curl -L https://repo.anaconda.com/pkgs/misc/cpr-exec/cpr-0.1.1-osx-64.exe -o cpr && chmod +x cpr
    
  2. Déplacez votre dossier anaconda3 des éléments déplacés vers votre dossier de départ: ~ / anaconda3.

  3. Corrigez votre dossier à l'aide de la commande suivante:

    ./cpr rehome ~/anaconda3
    
  4. Réexécutez conda init pour corriger votre commande shell conda:

    source ~/anaconda3/bin/activate
    
    conda init
    

Si vous utilisez zsh, remplacez la dernière commande par:

conda init zsh

1
Cela a également fonctionné pour moi. C'est l'approche recommandée par Anaconda. anaconda.com/…
Danny Meyer

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Il y a maintenant un correctif de anaconda.

Un autre changement clé depuis la dernière version est qu'Apple a publié la version 10.15 de macOS - Catalina. Malheureusement, il s'agissait d'une version de rupture pour les versions précédentes d'Anaconda qui utilisaient le programme d'installation de pkg. Les programmes d'installation d'Anaconda Distribution 2019.10 résolvent les problèmes et devraient s'installer sans problème sur macOS Catalina. Si vous préférez réparer votre installation Anaconda actuelle, veuillez consulter cet article de blog pour obtenir des conseils.

https://www.anaconda.com/anaconda-distribution-2019-10/

  1. Supprimez d'abord les anciennes installations.
  2. Installez la nouvelle distribution 2019.10+.
  3. Ouvrir le test terminal / cmd conda -V
  4. Tester jupyter notebook

Tout fonctionnait parfaitement pour moi, pas besoin de changer de chemin ou quoi que ce soit.


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utiliser ceci (ne pas utiliser de double ")

export PATH='/Users/myname/anaconda3/bin:$PATH'

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Copie anaconda3/ path to /Users/<my_user>/

alors export PATH='/Users/<my_user>/anaconda3/bin:$PATH'

Modifier le fichier:

  • /Users/<my_user>/anaconda3/conda

Modifiez la première ligne comme:

FROM #!//anaconda3/bin/python
TO  #!/Users/<my_user>/anaconda3/bin/python

Enregistrer les modifications /Users/<my_user>/anaconda3/bin/conda init zsh

Devrait marcher


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J'ai pu développer une solution de contournement pour ce problème en installant miniconda à partir de Homebrew ( https://brew.sh/ ). Après avoir installé Homebrew, tapez ce qui suit dans Terminal:

brew cask install miniconda

Une fois que miniconda est installé, les commandes conda doivent être accessibles via Terminal et vous pouvez également exécuter conda update condapour vous assurer que les packages de votre environnement sont cohérents.

Enfin, vous devrez peut-être modifier votre approche pour ouvrir les outils Anaconda tels que Jupyter Notebook. Ces outils sont accessibles via Terminal avec le préfixeconda run ...

Par exemple:

conda run jupyter notebook

ouvrira Jupyter Notebook, mais la commande

jupyter notebook

pourrait ne pas fonctionner. Une question similaire a été posée sur ce post .


Merci d'avoir souligné que la nouvelle commande pour démarrer le portable est conda run jupyter notebook. Ça l'a fait pour moi.
kavini


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J'ai suivi ce post et cela a fonctionné (je l'ai fait pour python 3). Résumé des étapes:

  1. Déplacer le dossier anaconda3 de Relocated Itemschez vous
  2. Téléchargez le programme d'installation en ligne de commande pour Anaconda3
  3. Rendre le script d'installation exécutable ( chmod +x)
  4. Exécutez le programme d'installation avec l' -uoption de mise à niveau d'une installation Anaconda existante:

    ./<name of anaconda installer> -u

  5. ajoutez cette ligne à votre .bash_profile:

    export PATH="/Users/<username>/anaconda3/bin:$PATH"


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J'ai installé l'anaconda avec succès via le mode de commande, ne fonctionnait toujours pas.

Ainsi, conda a été installé mais pas activé.

Mes étapes vers la solution:

  1. redémarrer l'ordinateur
  2. source ~ / anaconda / bin / activate

(dans le terminal; l'activation doit s'exécuter correctement)

  1. conda init

(doit s'exécuter sans aucune erreur)

  1. config conda --set auto_activate_base True

(cela activera automatiquement conda pour exécuter conda)

  1. si vous ne voulez pas l'activation automatique, donnez l'argument "False" au lieu de "True". chaque fois avant d'exécuter conda, vous devrez exécuter "conda init"

Cela a également résolu un autre problème - mon spyder ne fonctionnait pas à partir du navigateur. Maintenant ça marche bien.

Si cela ne fonctionne pas, faites le moi savoir.

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