Vérifier l'existence du répertoire et créer s'il n'existe pas

Je me retrouve souvent à écrire des scripts R qui génèrent beaucoup de sortie. Je trouve plus propre de mettre cette sortie dans ses propres répertoires. Ce que j'ai écrit ci-dessous vérifiera l'existence d'un répertoire et s'y déplacera, ou créera le répertoire puis se déplacera dans celui-ci. Y a-t-il une meilleure façon d'aborder cela?

mainDir <- "c:/path/to/main/dir"
subDir <- "outputDirectory"

if (file.exists(subDir)){
    setwd(file.path(mainDir, subDir))
} else {
    dir.create(file.path(mainDir, subDir))
    setwd(file.path(mainDir, subDir))

}

Utilisation showWarnings = FALSE:

dir.create(file.path(mainDir, subDir), showWarnings = FALSE)
setwd(file.path(mainDir, subDir))

dir.create()ne plante pas si le répertoire existe déjà, il affiche simplement un avertissement. Donc, si vous pouvez vivre en voyant des avertissements, il n'y a aucun problème à simplement faire ceci:

dir.create(file.path(mainDir, subDir))
setwd(file.path(mainDir, subDir))

Depuis le 16 avril 2015, avec la sortie de R 3.2.0, une nouvelle fonction est appelée dir.exists(). Pour utiliser cette fonction et créer le répertoire s'il n'existe pas, vous pouvez utiliser:

ifelse(!dir.exists(file.path(mainDir, subDir)), dir.create(file.path(mainDir, subDir)), FALSE)

Cela retournera FALSEsi le répertoire existe déjà ou est incréable, et TRUEs'il n'existait pas mais a été créé avec succès.

Notez que pour vérifier simplement si le répertoire existe, vous pouvez utiliser

dir.exists(file.path(mainDir, subDir))

En termes d'architecture générale, je recommanderais la structure suivante en ce qui concerne la création de répertoires. Cela couvrira la plupart des problèmes potentiels et tout autre problème de création de répertoire sera détecté par l' dir.createappel.

mainDir <- "~"
subDir <- "outputDirectory"

if (file.exists(paste(mainDir, subDir, "/", sep = "/", collapse = "/"))) {
    cat("subDir exists in mainDir and is a directory")
} else if (file.exists(paste(mainDir, subDir, sep = "/", collapse = "/"))) {
    cat("subDir exists in mainDir but is a file")
    # you will probably want to handle this separately
} else {
    cat("subDir does not exist in mainDir - creating")
    dir.create(file.path(mainDir, subDir))
}

if (file.exists(paste(mainDir, subDir, "/", sep = "/", collapse = "/"))) {
    # By this point, the directory either existed or has been successfully created
    setwd(file.path(mainDir, subDir))
} else {
    cat("subDir does not exist")
    # Handle this error as appropriate
}

Sachez également que s'il ~/foon'existe pas, un appel à dir.create('~/foo/bar')échouera, sauf si vous le spécifiez recursive = TRUE.

Voici la vérification des simples , et crée le répertoire si n'existe pas:

## Provide the dir name(i.e sub dir) that you want to create under main dir:
output_dir <- file.path(main_dir, sub_dir)

if (!dir.exists(output_dir)){
dir.create(output_dir)
} else {
    print("Dir already exists!")
}

L'utilisation de file.exists () pour tester l'existence du répertoire est un problème dans la publication d'origine. Si subDir incluait le nom d'un fichier existant (plutôt qu'un simple chemin), file.exists () retournerait TRUE, mais l'appel à setwd () échouerait car vous ne pouvez pas définir le répertoire de travail pour pointer vers un fichier.

Je recommanderais l'utilisation de file_test (op = "- d", subDir), qui retournera "TRUE" si subDir est un répertoire existant, mais FALSE si subDir est un fichier existant ou un fichier ou répertoire inexistant. De même, la vérification d'un fichier peut être effectuée avec op = "- f".

De plus, comme décrit dans un autre commentaire, le répertoire de travail fait partie de l'environnement R et doit être contrôlé par l'utilisateur et non par un script. Idéalement, les scripts ne devraient pas modifier l'environnement R. Pour résoudre ce problème, je pourrais utiliser options () pour stocker un répertoire globalement disponible où je voulais toute ma sortie.

Considérez donc la solution suivante, où someUniqueTag n'est qu'un préfixe défini par le programmeur pour le nom de l'option, ce qui rend peu probable qu'une option portant le même nom existe déjà. (Par exemple, si vous développez un package appelé "filer", vous pouvez utiliser filer.mainDir et filer.subDir).

Le code suivant serait utilisé pour définir les options disponibles pour une utilisation ultérieure dans d'autres scripts (évitant ainsi l'utilisation de setwd () dans un script) et pour créer le dossier si nécessaire:

mainDir = "c:/path/to/main/dir"
subDir = "outputDirectory"

options(someUniqueTag.mainDir = mainDir)
options(someUniqueTag.subDir = "subDir")

if (!file_test("-d", file.path(mainDir, subDir)){
  if(file_test("-f", file.path(mainDir, subDir)) {
    stop("Path can't be created because a file with that name already exists.")
  } else {
    dir.create(file.path(mainDir, subDir))
  }
}

Ensuite, dans tout script ultérieur qui devait manipuler un fichier dans subDir, vous pourriez utiliser quelque chose comme:

mainDir = getOption(someUniqueTag.mainDir)
subDir = getOption(someUniqueTag.subDir)
filename = "fileToBeCreated.txt"
file.create(file.path(mainDir, subDir, filename))

Cette solution laisse le répertoire de travail sous le contrôle de l'utilisateur.

J'ai eu un problème avec R 2.15.3 où en essayant de créer une arborescence récursivement sur un lecteur réseau partagé, j'obtiendrais une erreur d'autorisation.

Pour contourner cette bizarrerie, je crée manuellement la structure;

mkdirs <- function(fp) {
    if(!file.exists(fp)) {
        mkdirs(dirname(fp))
        dir.create(fp)
    }
} 

mkdirs("H:/foo/bar")

Bon mot:

if (!dir.exists(output_dir)) {dir.create(output_dir)}

Exemple:

dateDIR <- as.character(Sys.Date())
outputDIR <- file.path(outD, dateDIR)
if (!dir.exists(outputDIR)) {dir.create(outputDIR)}

Pour savoir si un chemin est un répertoire valide, essayez:

file.info(cacheDir)[1,"isdir"]

file.info ne se soucie pas d'une barre oblique à la fin.

file.existssous Windows échouera pour un répertoire s'il se termine par une barre oblique et réussit sans lui. Cela ne peut donc pas être utilisé pour déterminer si un chemin est un répertoire.

file.exists("R:/data/CCAM/CCAMC160b_echam5_A2-ct-uf.-5t05N.190to240E_level1000/cache/")
[1] FALSE

file.exists("R:/data/CCAM/CCAMC160b_echam5_A2-ct-uf.-5t05N.190to240E_level1000/cache")
[1] TRUE

file.info(cacheDir)["isdir"]