Comment faire un nuage de points avec des cercles vides en Python?

En Python, avec Matplotlib, comment tracer un nuage de points avec des cercles vides ? Le but est de dessiner des cercles vides autour de certains des disques colorés déjà tracés parscatter() , de manière à les mettre en évidence, idéalement sans avoir à redessiner les cercles colorés.

J'ai essayé facecolors=None, en vain.

De la documentation pour scatter:

Optional kwargs control the Collection properties; in particular:

    edgecolors:
        The string ‘none’ to plot faces with no outlines
    facecolors:
        The string ‘none’ to plot unfilled outlines

Essayez ce qui suit:

import matplotlib.pyplot as plt 
import numpy as np 

x = np.random.randn(60) 
y = np.random.randn(60)

plt.scatter(x, y, s=80, facecolors='none', edgecolors='r')
plt.show()

Remarque: pour d'autres types de graphiques, consultez cet article sur l'utilisation de markeredgecoloret markerfacecolor.

Cela fonctionnerait-il?

plt.scatter(np.random.randn(100), np.random.randn(100), facecolors='none')

ou en utilisant plot ()

plt.plot(np.random.randn(100), np.random.randn(100), 'o', mfc='none')

Voici une autre façon: cela ajoute un cercle aux axes, au tracé ou à l'image actuels ou autre:

from matplotlib.patches import Circle  # $matplotlib/patches.py

def circle( xy, radius, color="lightsteelblue", facecolor="none", alpha=1, ax=None ):
    """ add a circle to ax= or current axes
    """
        # from .../pylab_examples/ellipse_demo.py
    e = Circle( xy=xy, radius=radius )
    if ax is None:
        ax = pl.gca()  # ax = subplot( 1,1,1 )
    ax.add_artist(e)
    e.set_clip_box(ax.bbox)
    e.set_edgecolor( color )
    e.set_facecolor( facecolor )  # "none" not None
    e.set_alpha( alpha )

(Les cercles dans l'image sont écrasés en ellipses parce que imshow aspect="auto").

Dans matplotlib 2.0, il existe un paramètre appelé fillstyle qui permet un meilleur contrôle sur la façon dont les marqueurs sont remplis. Dans mon cas, je l'ai utilisé avec des barres d'erreur mais cela fonctionne pour les marqueurs en général http://matplotlib.org/api/_as_gen/matplotlib.axes.Axes.errorbar.html

fillstyleaccepte les valeurs suivantes: ['full' | «gauche» | «droite» | «bas» | «top» | 'aucun']

Il y a deux choses importantes à garder à l'esprit lors de l'utilisation fillstyle ,

1) Si mfc est défini sur n'importe quel type de valeur, il sera prioritaire, par conséquent, si vous définissez fillstyle sur 'none', cela ne prendrait pas effet. Évitez donc d'utiliser mfc en conjonction avec fillstyle

2) Vous pouvez contrôler la largeur du bord du marqueur (en utilisant markeredgewidthoumew ) car si le marqueur est relativement petit et la largeur du bord est épaisse, les marqueurs auront l'air remplis même s'ils ne le sont pas.

Voici un exemple utilisant des barres d'erreurs:

myplot.errorbar(x=myXval, y=myYval, yerr=myYerrVal, fmt='o', fillstyle='none', ecolor='blue',  mec='blue')

Basez-vous sur l'exemple de Gary Kerr et comme proposé ici, on peut créer des cercles vides liés à des valeurs spécifiées avec le code suivant:

import matplotlib.pyplot as plt 
import numpy as np 
from matplotlib.markers import MarkerStyle

x = np.random.randn(60) 
y = np.random.randn(60)
z = np.random.randn(60)

g=plt.scatter(x, y, s=80, c=z)
g.set_facecolor('none')
plt.colorbar()
plt.show()

Je suppose donc que vous voulez souligner certains points qui correspondent à certains critères. Vous pouvez utiliser la commande de Prelude pour faire un deuxième nuage de points des points surlignés avec un cercle vide et un premier appel pour tracer tous les points. Assurez-vous que le paramètre s est suffisamment petit pour que les plus grands cercles vides entourent les plus petits remplis.

L'autre option consiste à ne pas utiliser de dispersion et à dessiner les patchs individuellement à l'aide de la commande cercle / ellipse. Ceux-ci sont dans matplotlib.patches, voici un exemple de code sur la façon de dessiner des rectangles de cercles, etc.