Lors de l'installation de rJava à l'aide de la install.packages("rJava")
commande, j'obtiens l'erreur suivante:
checking Java support in R... present:
interpreter : '/usr/bin/java'
archiver : '/usr/bin/jar'
compiler : '/usr/bin/javac'
header prep.: '/usr/bin/javah'
cpp flags : '-I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include -I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include/linux'
java libs : '-L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64/server -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64 -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../lib/amd64 -L -L/usr/java/packages/lib/amd64 -L/usr/lib64 -L/lib64 -L/lib -L/usr/lib -ljvm'
checking whether JNI programs can be compiled... yes
checking JNI data types... configure: error: One or more JNI types differ from the corresponding native type. You may need to use non-standard compiler flags or a different compiler in order to fix this.
ERROR: configuration failed for package ‘rJava’
J'ai installé le JDK Java et java -version
renvoie ce qui suit:
$ java -version
java version "1.6.0_20"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_20-b02)
Lorsque je cherche l'erreur sur Google, je vois que d'autres ont le même problème mais ne trouvent pas de solution autre que "installer le JDK entier, pas seulement le JRE", ce que j'ai fait.
L'autre chose que j'ai lue était de courir sudo R CMD javareconf
qui fonctionne assez heureusement sans erreurs.
Des idées sur mon problème?
[[EDIT]] Cela fait quelques mois que j'ai eu ce problème. J'avais initialement résolu cela en éditant mes chemins Java, comme illustré dans la réponse que j'ai publiée ci-dessous. J'ai récemment rencontré le même problème sur une nouvelle installation d'Ubuntu. J'ai essayé la recommandation de Dirk d'utiliser apt-get pour installer le paquet rJava. Cela a parfaitement fonctionné. Ce que je n'ai pas compris au départ, c'est que l'installation de packages à l'aide de la méthode apt-get d'Ubuntu est fondamentalement différente du simple chargement du même package à l'aide de install.packages () à l'intérieur de R. Les packages Ubuntu résolvent certains problèmes que je n'ai pas réalisé ou apprécié .
readxl
mais pour réécrire dans Excel, je préfère openxlsx
. Aucun des deux ne nécessite rJava.