Générer un PNG avec matplotlib lorsque DISPLAY n'est pas défini

J'essaie d'utiliser networkx avec Python. Lorsque j'exécute ce programme, il obtient cette erreur. Y a-t-il quelque chose qui manque?

#!/usr/bin/env python

import networkx as nx
import matplotlib
import matplotlib.pyplot
import matplotlib.pyplot as plt

G=nx.Graph()
G.add_node(1)
G.add_nodes_from([2,3,4,5,6,7,8,9,10])
#nx.draw_graphviz(G)
#nx_write_dot(G, 'node.png')
nx.draw(G)
plt.savefig("/var/www/node.png")


Traceback (most recent call last):
  File "graph.py", line 13, in <module>
    nx.draw(G)
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/networkx/drawing/nx_pylab.py", line 124, in draw
    cf=pylab.gcf()
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/pyplot.py", line 276, in gcf
    return figure()
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/pyplot.py", line 254, in figure
    **kwargs)
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/backends/backend_tkagg.py", line 90, in new_figure_manager
    window = Tk.Tk()
  File "/usr/lib/python2.5/lib-tk/Tkinter.py", line 1650, in __init__
    self.tk = _tkinter.create(screenName, baseName, className, interactive, wantobjects, useTk, sync, use)
_tkinter.TclError: no display name and no $DISPLAY environment variable

J'ai maintenant une erreur différente:

#!/usr/bin/env python

import networkx as nx
import matplotlib
import matplotlib.pyplot
import matplotlib.pyplot as plt

matplotlib.use('Agg')

G=nx.Graph()
G.add_node(1)
G.add_nodes_from([2,3,4,5,6,7,8,9,10])
#nx.draw_graphviz(G)
#nx_write_dot(G, 'node.png')
nx.draw(G)
plt.savefig("/var/www/node.png")

/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/__init__.py:835: UserWarning:  This call to matplotlib.use() has no effect
because the the backend has already been chosen;
matplotlib.use() must be called *before* pylab, matplotlib.pyplot,
or matplotlib.backends is imported for the first time.

  if warn: warnings.warn(_use_error_msg)
Traceback (most recent call last):
  File "graph.py", line 15, in <module>
    nx.draw(G)
  File "/usr/lib/python2.5/site-packages/networkx-1.2.dev-py2.5.egg/networkx/drawing/nx_pylab.py", line 124, in draw
    cf=pylab.gcf()
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/pyplot.py", line 276, in gcf
    return figure()
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/pyplot.py", line 254, in figure
    **kwargs)
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/backends/backend_tkagg.py", line 90, in new_figure_manager
    window = Tk.Tk()
  File "/usr/lib/python2.5/lib-tk/Tkinter.py", line 1650, in __init__
    self.tk = _tkinter.create(screenName, baseName, className, interactive, wantobjects, useTk, sync, use)
_tkinter.TclError: no display name and no $DISPLAY environment variable

J'ai maintenant une erreur différente:

#!/usr/bin/env python

import networkx as nx
import matplotlib
import matplotlib.pyplot
import matplotlib.pyplot as plt

matplotlib.use('Agg')

G=nx.Graph()
G.add_node(1)
G.add_nodes_from([2,3,4,5,6,7,8,9,10])
#nx.draw_graphviz(G)
#nx_write_dot(G, 'node.png')
nx.draw(G)
plt.savefig("/var/www/node.png")

/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/__init__.py:835: UserWarning:  This call to matplotlib.use() has no effect
because the the backend has already been chosen;
matplotlib.use() must be called *before* pylab, matplotlib.pyplot,
or matplotlib.backends is imported for the first time.

  if warn: warnings.warn(_use_error_msg)
Traceback (most recent call last):
  File "graph.py", line 15, in <module>
    nx.draw(G)
  File "/usr/lib/python2.5/site-packages/networkx-1.2.dev-py2.5.egg/networkx/drawing/nx_pylab.py", line 124, in draw
    cf=pylab.gcf()
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/pyplot.py", line 276, in gcf
    return figure()
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/pyplot.py", line 254, in figure
    **kwargs)
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/backends/backend_tkagg.py", line 90, in new_figure_manager
    window = Tk.Tk()
  File "/usr/lib/python2.5/lib-tk/Tkinter.py", line 1650, in __init__
    self.tk = _tkinter.create(screenName, baseName, className, interactive, wantobjects, useTk, sync, use)
_tkinter.TclError: no display name and no $DISPLAY environment variable

Le problème principal est que (sur votre système) matplotlib choisit un backend utilisant x par défaut. Je viens d'avoir le même problème sur l'un de mes serveurs. La solution pour moi était d'ajouter le code suivant dans un endroit qui est lu avant toute autre importation pylab / matplotlib / pyplot :

import matplotlib
# Force matplotlib to not use any Xwindows backend.
matplotlib.use('Agg')

L'alternative est de le placer dans votre .matplotlibrc

Tout comme un complément à la réponse de Reinout.

Le moyen permanent de résoudre ce type de problème est de modifier le fichier .matplotlibrc. Trouvez-le via

>>> import matplotlib
>>> matplotlib.matplotlib_fname()
# This is the file location in Ubuntu
'/etc/matplotlibrc'

Modifiez ensuite le backend de ce fichier en backend : Agg. C'est ça.

La bonne réponse est de prendre un peu de temps pour préparer correctement votre environnement d'exécution.

La première technique que vous devez préparer votre environnement d'exécution consiste à utiliser un matplotlibrcfichier, comme recommandé judicieusement par Chris Q. , en définissant

backend : Agg

dans ce fichier. Vous pouvez même contrôler - sans changement de code - comment et où matplotlib recherche et trouve le matplotlibrcfichier .

La deuxième technique pour préparer votre environnement d'exécution est d'utiliser la MPLBACKENDvariable d'environnement (et d'informer vos utilisateurs de s'en servir):

export MPLBACKEND="agg"
python <program_using_matplotlib.py>

C'est pratique car vous n'avez même pas besoin de fournir un autre fichier sur le disque pour que cela fonctionne. J'ai utilisé cette approche avec, par exemple, des tests en intégration continue et en cours d'exécution sur des machines distantes qui n'ont pas d'écran.

Coder en dur votre backend matplotlib à "Agg" dans votre code Python, c'est comme frapper une cheville carrée dans un trou rond avec un gros marteau, quand, à la place, vous auriez pu dire à matplotlib qu'il doit être un trou carré.

J'ai eu l'erreur lors de l'utilisation de matplotlib via Spark. matplotlib.use('Agg')ne fonctionne pas pour moi. En fin de compte, le code suivant fonctionne pour moi. Plus ici

import matplotlib.pyplot as plt.
plt.switch_backend('agg')

Je vais simplement répéter ce que @Ivo Bosticky a dit, ce qui peut être ignoré. Mettez ces lignes au TRÈS début du fichier py.

import matplotlib
matplotlib.use('Agg') 

Ou on obtiendrait une erreur

* / usr / lib / pymodules / python2.7 / matplotlib / __ init__.py:923: UserWarning: Cet appel à matplotlib.use () n'a aucun effet
parce que le backend a déjà été choisi;
matplotlib.use () doit être appelé * avant * pylab, matplotlib.pyplot, *

Cela résoudra tous les problèmes d'affichage

J'ai trouvé que cet extrait de code fonctionnait bien lors de la commutation entre les environnements X et non-X.

import os
import matplotlib as mpl
if os.environ.get('DISPLAY','') == '':
    print('no display found. Using non-interactive Agg backend')
    mpl.use('Agg')
import matplotlib.pyplot as plt

Lorsque vous vous connectez au serveur pour exécuter le code, utilisez plutôt ceci:

ssh -X username@servername

le -Xsupprimera le nom sans affichage et aucune erreur de variable d'environnement $ DISPLAY

:)

Sur quel système êtes-vous? Il semble que vous ayez un système avec X11, mais la variable d'environnement DISPLAY n'a pas été correctement définie. Essayez d'exécuter la commande suivante, puis réexécutez votre programme:

export DISPLAY=localhost:0

import matplotlib
matplotlib.use('Agg')
import matplotlib.pyplot as plt

Ça marche pour moi.

Une autre chose à vérifier est de savoir si votre utilisateur actuel est autorisé à se connecter à l'écran X. Dans mon cas, root n'était pas autorisé à le faire et matplotlib se plaignait de la même erreur.

user@debian:~$ xauth list         
debian/unix:10  MIT-MAGIC-COOKIE-1  ae921efd0026c6fc9d62a8963acdcca0
root@debian:~# xauth add debian/unix:10  MIT-MAGIC-COOKIE-1 ae921efd0026c6fc9d62a8963acdcca0
root@debian:~# xterm

la source: http://www.debian-administration.org/articles/494 https://debian-administration.org/article/494/Getting_X11_forwarding_through_ssh_working_after_running_su

Pour vous assurer que votre code est portable sur Windows, Linux et OSX et pour les systèmes avec et sans écrans, je suggère l'extrait de code suivant:

import matplotlib
import os
# must be before importing matplotlib.pyplot or pylab!
if os.name == 'posix' and "DISPLAY" not in os.environ:
    matplotlib.use('Agg')

# now import other things from matplotlib
import matplotlib.pyplot as plt

Crédit: https://stackoverflow.com/a/45756291/207661

Pour Google Cloud Machine Learning Engine:

import matplotlib as mpl
mpl.use('Agg')
from matplotlib.backends.backend_pdf import PdfPages

Et puis pour imprimer dans un fichier:

#PDF build and save
    def multi_page(filename, figs=None, dpi=200):
        pp = PdfPages(filename)
        if figs is None:
            figs = [mpl.pyplot.figure(n) for n in mpl.pyplot.get_fignums()]
        for fig in figs:
            fig.savefig(pp, format='pdf', bbox_inches='tight', fig_size=(10, 8))
        pp.close()

et pour créer le PDF:

multi_page(report_name)