Veuillez noter que j'avais fourni cette réponse en 2011. Elle est peut-être obsolète
Mon entreprise développe une bibliothèque d'abstraction de base de données ( jOOQ ), qui prend en charge les deux bases de données. Nos tests d'intégration couvrent de nombreuses fonctionnalités, y compris l'appel de procédures et de fonctions stockées, de tableaux, de sélections imbriquées, etc. J'ai l'expérience HSQLDB 2.1
d'être légèrement plus rapide que H2 1.3
pour les petites bases de données en ce qui concerne DML.
Cependant, HSQLDB surpasse fortement H2 dans les opérations DDL ainsi que lors du démarrage / arrêt de l'instance, même pour une petite base de données (en raison de la compilation par H2 des fonctions stockées à nouveau avec javac à chaque démarrage de la base de données!) . Cela dépend de la façon dont vous stockez les fonctions stockées. Apparemment, c'est un "problème" plutôt spécifique à jOOQ, voir aussi le commentaire de Thomas Mueller.
D'un autre côté, je suis d'accord avec l'utilisateur trashgod, vous devriez tester les performances par rapport à un schéma et un cas d'utilisation raisonnables pour vous-même.