J'ai rencontré le même problème. J'avais un fichier PNG dans un package Java et il n'a pas été exporté dans le JAR final avec les sources, ce qui a provoqué le blocage de l'application au démarrage (fichier introuvable).
Aucune des réponses ci-dessus n'a résolu mon problème mais j'ai trouvé la solution sur les forums Gradle. J'ai ajouté ce qui suit à mon build.gradlefichier:
sourceSets.main.resources.srcDirs = [ "src/" ]
sourceSets.main.resources.includes = [ "**/*.png" ]
Il indique à Gradle de rechercher des ressources dans le srcdossier et lui demande de n'inclure que les fichiers PNG.
EDIT: sachez que si vous utilisez Eclipse, cela cassera vos configurations d'exécution et vous obtiendrez une main class not founderreur lorsque vous essayez d'exécuter votre programme. Pour résoudre ce problème, la seule solution que j'ai trouvée est de déplacer la ou les images vers un autre répertoire, res/par exemple, et de la définir comme srcDirsau lieu de src/.