Problèmes d'installation du package devtools


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Je souhaite utiliser le devtoolspackage. J'ai exécuté les commandes suivantes:

> install.packages("devtools", dependencies = TRUE)
....
> library(devtools)
Error in library(devtools) : there is no package called ‘devtools’

Qu'est-ce que je fais mal?

Modifier: voici les résultats de la réexécution de la install.packagescommande après le redémarrage de la session.

> install.packages("devtools", dependencies = TRUE)
Installing package into ‘/home/evanaad/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0
(as ‘lib’ is unspecified)
--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---
Warning: dependencies ‘roxygen2’, ‘BiocInstaller’, ‘rstudio’ are not available
also installing the dependencies ‘httr’, ‘RCurl’

trying URL 'http://cran.at.r-project.org/src/contrib/httr_0.2.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 50183 bytes (49 Kb)
opened URL
==================================================
downloaded 49 Kb

trying URL 'http://cran.at.r-project.org/src/contrib/RCurl_1.95-4.1.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 870915 bytes (850 Kb)
opened URL
==================================================
downloaded 850 Kb

trying URL 'http://cran.at.r-project.org/src/contrib/devtools_1.4.1.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 105214 bytes (102 Kb)
opened URL
==================================================
downloaded 102 Kb

* installing *source* package ‘RCurl’ ...
** package ‘RCurl’ successfully unpacked and MD5 sums checked
checking for curl-config... no
Cannot find curl-config
ERROR: configuration failed for package ‘RCurl’
* removing ‘/home/evanaad/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/RCurl’
ERROR: dependency ‘RCurl’ is not available for package ‘httr’
* removing ‘/home/evanaad/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/httr’
ERROR: dependencies ‘httr’, ‘RCurl’ are not available for package ‘devtools’
* removing ‘/home/evanaad/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/devtools’

The downloaded source packages are in/tmp/RtmptvmTrA/downloaded_packages’
Warning messages:
1: In install.packages("devtools", dependencies = TRUE) :
  installation of package ‘RCurl’ had non-zero exit status
2: In install.packages("devtools", dependencies = TRUE) :
  installation of package ‘httr’ had non-zero exit status
3: In install.packages("devtools", dependencies = TRUE) :
  installation of package ‘devtools’ had non-zero exit status

Très difficile à dire sur la base de ces informations. l'installation semble-t-elle se dérouler correctement?
Ben Bolker le

@BenBolker: Je ne peux plus le dire. J'ai été assez stupide pour me déconnecter de la session sans remarquer si l'installation a réussi. Je me suis déconnecté en pensant que R doit "redémarrer" pour récupérer le paquet nouvellement installé. Malheureusement, cela n'a pas fonctionné comme prévu ... Puis-je faire quelque chose à ce sujet maintenant?
Evan Aad

1
Que se passe-t-il lorsque vous réexécutez la install.packagescommande?
damienfrancois le

@damienfrancois: J'ai mis à jour mon message d'origine avec la sortie correspondante.
Evan Aad

8
Essayez d'installer curl-devou curl-develavec votre gestionnaire de paquets, ou recherchezlibcurl
damienfrancois

Réponses:


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Selon la suggestion de damienfrancois , j'ai installé libcurl4-gnutls-dev et le problème a été résolu.

MODIFIER (@dardisco)

Dans votre coquille:

apt-get -y build-dep libcurl4-gnutls-dev
apt-get -y install libcurl4-gnutls-dev

8
Ie (de bash): apt-get -y build-dep libcurl4-gnutls-dev, apt-get -y install libcurl4-gnutls-dev
dardisco

2
A fonctionné comme du charme. Mais je n'arrive toujours pas à comprendre, comment ces paquets ubuntu l'ont-ils résolu?
rishy

J'ai essayé vos méthodes dans Ubuntu et les instructions semblent bien fonctionner et l'installation de devtools semble également réussir. mais quand j'essaye d'utiliser` library (devtools) `pour charger la bibliothèque mais je ne reçois que ces messagesError in library(devtools) : there is no package called ‘devtools’
sikisis

7
Je ne pense pas que vous ayez besoin des dépendances de construction ( build-dep) pour libcurl4-gnutls-dev, puisque vous n'allez pas le construire vous-même. L'installation du paquet devrait fonctionner correctement.
Gerhard Burger

1
build dep n'a pas fonctionné pour moi, mais je l'ai fait sudo apt-get install libssl-devaussi
mots pour

103

Si vous utilisez Ubuntu / Linux:

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev libssl-dev

2
J'obtiens cette erreur dans Ubuntu 16.04 Les informations suivantes peuvent aider à résoudre la situation: Les packages suivants ont des dépendances non satisfaites: libcurl4-openssl-dev: Dépend: libcurl3 (= 7.47.0-1ubuntu2) mais 7.47.0-1ubuntu2.2 doit être installé libssl-dev: Dépend: libssl1.0.0 (= 1.0.2g-1ubuntu4) mais 1.0.2g-1ubuntu4.6 doit être installé Recommande: libssl-doc mais il ne sera pas installé E: Impossible de corriger les problèmes, vous avez conservé des colis cassés
Artiga

La seule chose que j'ajouterais est un «-y» à la fin pour que vous n'ayez pas à dire «oui». Pas de temps pour le consentement ces jours-ci.
wordsforthewise

2
cela devrait être dans la documentation de R.
PaulDong

J'ai essayé ceci dans Ubuntu 16.04. libcurl est installé. Mais devtools n'est toujours pas installé dans R. Que me manque-t-il peut-être? Merci.
BobbyF

1
Fonctionne également pour Ubuntu 18.04.
kluu

49

Dans le cas où vous utilisez CentOS:

Essayer:

sudo yum -y install libcurl libcurl-devel

4
Ceci est particulièrement utile pour tous les utilisateurs d'une instance AWS
d8aninja

2
J'avais aussi besoin sudo yum -y install openssl-devel(sur AWS)
Richard DiSalvo

1
Fedora récent:sudo dnf install libcurl libcurl-devel
Jefferson

1
Comment puis-je les installer sans autorisation root?
anilbey

10

Aujourd'hui (ubuntu 14.04) j'ai besoin des deux:

 $ sudo apt-get -y install libcurl4-gnutls-dev
 $ sudo apt-get -y install libssl-dev

10

Pour les utilisateurs ubuntu, exécutez cette commande dans votre terminal [Testé dans UBUNTU 16.04]

sudo apt-get -y install libcurl4-openssl-dev

postez ces bibliothèques d'installation comme vous le faites habituellement dans R en utilisant

install.packages("package name")

2
En quoi cela diffère-t-il de la réponse de Sayali ?
Roman Luštrik

9

Pour ma boîte Debian Jessie, j'ai également inclus:

sudo apt-get build-dep libxml2-dev

Astuce: La sortie de la console r-tool est assez verbeuse, je vérifierais donc toute autre dépendance.

Ensuite, je l'ai enfin compris:

> find_rtools()
[1] TRUE

8

J'ai rencontré ce problème avec Ubuntu 18.04 et aucune des réponses précédentes ne l'a résolu. Finalement, j'ai réussi en installant devtoolsavec le gestionnaire de paquets lui-même:

sudo apt install r-cran-devtools


J'ai eu le même problème dans Ubuntu 18.04 et je l'ai résolu avec cette réponse ici. Merci
719016

7

Meilleure solution pour résoudre ce problème. Je cherchais le même problème. J'ai passé 1 jour et puis j'ai eu une solution. Maintenant, c'est bien.

Vérifiez votre version R dans le terminal bash si vous êtes sur Ubuntu ou Linux.

R --version

puis utilisez ces commandes

sudo apt-get update 
sudo apt-get upgrade              

Vérifiez maintenant la nouvelle version de R. Utilisez cette commande

sudo apt-cache showpkg r-base

Maintenant, mettez à jour le R uniquement.

sudo apt-get install r-base

Maintenant, R sera mis à jour et l'erreur sera supprimée. Assurez-vous cddu chemin de la bibliothèque où vous souhaitez installer le nouveau package. De cette façon dans le terminal bash. Essayez de créer le répertoire R dans le dossier de départ ou il sera par défaut. Recherchez cet emplacement pour le package ~ / R / lib /.

R
.libPaths("~/R/lib")
install.packages("devtools")

OU

install.packages("devtools", lib="~/R/lib")

5

Aucune des réponses ci-dessus n'a fonctionné pour moi sur Ubuntu 18.04.3 LTS en utilisant la version 3.6.1 de R

Je suppose que cela pourrait avoir quelque chose à voir avec Anaconda3...

Ce qui a fonctionné pour moi, c'est:

conda install -c r r-devtools 

Puis dans R

install.packages("rlang")
install.packages("devtools")

sessionInfo()

R version 3.6.1 (2019-07-05)
Platform: x86_64-conda_cos6-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 18.04.3 LTS

Matrix products: default
BLAS/LAPACK: /home/tsundoku/anaconda3/lib/R/lib/libRblas.so

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_CA.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=en_CA.UTF-8        LC_COLLATE=en_CA.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_CA.UTF-8    LC_MESSAGES=en_CA.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=en_CA.UTF-8       LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=en_CA.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.6.1 tools_3.6.1    tcltk_3.6.1   

Merci! C'est le seul qui a fonctionné pour moi.
DavidC

3

CentOS 7: J'avais déjà installé les packages de développement libcurl et gnutls, mais j'ai toujours l'erreur «impossible de charger git2r.so» lors de l'installation de devtools dans R. J'ai dû les «réinstaller» pour que cela fonctionne:

sudo yum reinstall gnutls-devel.x86_64

3

Je suis sous Windows et j'ai eu le même problème.

J'ai utilisé le code ci-dessous:

install.packages("devtools", type = "win.binary")

Ensuite, la bibliothèque (devtools) a fonctionné pour moi.


2

J'ai travaillé sur un certain nombre de problèmes en installant tous les éléments suivants pour obtenir les outils de développement à installer sur Ubuntu 18.04.1.

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev
sudo apt-get install libssl-dev
sudo apt-get install libcurl4-gnutls-dev
sudo apt-get install libxml2-dev

0

Centos 6.8

ce travail comme du charme pour moi

  1. installer libcurl $yum -y install libcurl libcurl-devel
  2. redémarrer R Software $rstudio-server verify-installation

0

CentOS 7:

J'ai essayé des solutions dans ce post

sudo yum -y install libcurl libcurl-devel
sudo yum -y install openssl-devel

mais ce n'était pas suffisant.

La vérification de l'erreur R dans la console m'a donné la réponse. Dans mon cas, il manquait libxml-2.0 ci-dessous (et la console a imprimé une explication avec le nom du paquet pour différentes versions de Linux et d'autres configurations R possibles)

sudo yum -y install libxml2-devel
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