Remarque, difflib.SequenceMatcher
ne trouve que la sous-séquence de correspondance contiguë la plus longue, ce n'est souvent pas ce qui est souhaité, par exemple:
>>> a1 = "Apple"
>>> a2 = "Appel"
>>> a1 *= 50
>>> a2 *= 50
>>> SequenceMatcher(None, a1, a2).ratio()
0.012 # very low
>>> SequenceMatcher(None, a1, a2).get_matching_blocks()
[Match(a=0, b=0, size=3), Match(a=250, b=250, size=0)] # only the first block is recorded
Trouver la similitude entre deux chaînes est étroitement lié au concept d'alignement de séquence par paire en bioinformatique. Il existe de nombreuses bibliothèques dédiées à cela, y compris le biopython . Cet exemple implémente l' algorithme Needleman Wunsch :
>>> from Bio.Align import PairwiseAligner
>>> aligner = PairwiseAligner()
>>> aligner.score(a1, a2)
200.0
>>> aligner.algorithm
'Needleman-Wunsch'
L'utilisation de biopython ou d'un autre package bioinformatique est plus flexible que n'importe quelle partie de la bibliothèque standard de python car de nombreux schémas et algorithmes de notation différents sont disponibles. En outre, vous pouvez réellement obtenir les séquences correspondantes pour visualiser ce qui se passe:
>>> alignment = next(aligner.align(a1, a2))
>>> alignment.score
200.0
>>> print(alignment)
Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-Apple-
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App-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-elApp-el