Prendre la nième colonne dans un fichier texte

J'ai un fichier texte:

1 Q0 1657 1 19.6117 Exp
1 Q0 1410 2 18.8302 Exp
2 Q0 3078 1 18.6695 Exp
2 Q0 2434 2 14.0508 Exp
2 Q0 3129 3 13.5495 Exp

Je veux prendre le 2ème et 4ème mot de chaque ligne comme ceci:

1657 19.6117
1410 18.8302
3078 18.6695
2434 14.0508
3129 13.5495

J'utilise ce code:

 nol=$(cat "/path/of/my/text" | wc -l)
 x=1
 while  [ $x -le "$nol" ]
 do
     line=($(sed -n "$x"p /path/of/my/text)
     echo ""${line[1]}" "${line[3]}""  >> out.txt
     x=$(( $x + 1 ))
 done

Cela fonctionne, mais c'est très compliqué et prend beaucoup de temps pour traiter de longs fichiers texte.

Existe-t-il un moyen plus simple de procéder?

iirc:

cat filename.txt | awk '{ print $2 $4 }'

ou, comme mentionné dans les commentaires:

awk '{ print $2 $4 }' filename.txt

Vous pouvez utiliser la cutcommande:

cut -d' ' -f3,5 < datafile.txt

impressions

1657 19.6117
1410 18.8302
3078 18.6695
2434 14.0508
3129 13.5495

la

• -d' '- signifie, utiliser spacecomme délimiteur
• -f3,5 - prendre et imprimer la 3e et la 5e colonne

le cut est beaucoup plus rapide pour les gros fichiers en tant que solution shell pure. Si votre fichier est délimité par plusieurs espaces, vous pouvez d'abord les supprimer, comme:

sed 's/[\t ][\t ]*/ /g' < datafile.txt | cut -d' ' -f3,5

où le (gnu) sed remplacera tout tabspace caractères ou par un seul space.

Pour une variante - voici aussi une solution perl:

perl -lanE 'say "$F[2] $F[4]"' < datafile.txt

Par souci d'exhaustivité:

while read _ _ one _ two _; do
    echo "$one $two"
done < file.txt

Au lieu de _ une variable arbitraire (telle quejunk ), vous pouvez également utiliser. Le but est juste d'extraire les colonnes.

Démo:

$ while read _ _ one _ two _; do echo "$one $two"; done < /tmp/file.txt
1657 19.6117
1410 18.8302
3078 18.6695
2434 14.0508
3129 13.5495

Une variante plus simple -

$ while read line
  do
      set $line          # assigns words in line to positional parameters
      echo "$3 $5"
  done < file

Si votre fichier contient n lignes, votre script doit lire le fichier n fois; Donc, si vous doublez la longueur du fichier, vous quadruplez la quantité de travail que votre script fait - et presque tout ce travail est simplement jeté, car tout ce que vous voulez faire est de boucler les lignes dans l'ordre.

Au lieu de cela, la meilleure façon de boucler sur les lignes d'un fichier est d'utiliser une whileboucle, la commande condition étant la commande readinterne:

while IFS= read -r line ; do
    # $line is a single line of the file, as a single string
    : ... commands that use $line ...
done < input_file.txt

Dans votre cas, puisque vous voulez diviser la ligne en un tableau, et que le readbuiltin a en fait un support spécial pour remplir une variable de tableau, ce que vous voulez, vous pouvez écrire:

while read -r -a line ; do
    echo ""${line[1]}" "${line[3]}"" >> out.txt
done < /path/of/my/text

ou mieux encore:

while read -r -a line ; do
    echo "${line[1]} ${line[3]}"
done < /path/of/my/text > out.txt

Cependant, pour ce que vous faites, vous pouvez simplement utiliser l' cututilitaire:

cut -d' ' -f2,4 < /path/of/my/text > out.txt

(ou awk, comme le suggère Tom van der Woerdt, ou perl, ou même sed).

Si vous utilisez des données structurées, cela présente l'avantage supplémentaire de ne pas appeler un processus shell supplémentaire à exécuter tret / oucut ou quelque chose. ...

(Bien sûr, vous voudrez vous protéger contre les mauvaises entrées avec des conditions et des alternatives saines.)

...
while read line ; 
do 
    lineCols=( $line ) ;
    echo "${lineCols[0]}"
    echo "${lineCols[1]}"
done < $myFQFileToRead ; 
...