Cython: "erreur fatale: numpy / arrayobject.h: aucun fichier ou répertoire de ce type"

J'essaye d'accélérer la réponse ici en utilisant Cython. J'essaye de compiler le code (après avoir fait le cygwinccompiler.pyhack expliqué ici ), mais j'obtiens une fatal error: numpy/arrayobject.h: No such file or directory...compilation terminatederreur. Quelqu'un peut-il me dire si c'est un problème avec mon code, ou une subtilité ésotérique avec Cython?

Ci-dessous mon code.

import numpy as np
import scipy as sp
cimport numpy as np
cimport cython

cdef inline np.ndarray[np.int, ndim=1] fbincount(np.ndarray[np.int_t, ndim=1] x):
    cdef int m = np.amax(x)+1
    cdef int n = x.size
    cdef unsigned int i
    cdef np.ndarray[np.int_t, ndim=1] c = np.zeros(m, dtype=np.int)

    for i in xrange(n):
        c[<unsigned int>x[i]] += 1

    return c

cdef packed struct Point:
    np.float64_t f0, f1

@cython.boundscheck(False)
def sparsemaker(np.ndarray[np.float_t, ndim=2] X not None,
                np.ndarray[np.float_t, ndim=2] Y not None,
                np.ndarray[np.float_t, ndim=2] Z not None):

    cdef np.ndarray[np.float64_t, ndim=1] counts, factor
    cdef np.ndarray[np.int_t, ndim=1] row, col, repeats
    cdef np.ndarray[Point] indices

    cdef int x_, y_

    _, row = np.unique(X, return_inverse=True); x_ = _.size
    _, col = np.unique(Y, return_inverse=True); y_ = _.size
    indices = np.rec.fromarrays([row,col])
    _, repeats = np.unique(indices, return_inverse=True)
    counts = 1. / fbincount(repeats)
    Z.flat *= counts.take(repeats)

    return sp.sparse.csr_matrix((Z.flat,(row,col)), shape=(x_, y_)).toarray()

Dans votre setup.py, le Extensiondevrait avoir l'argument include_dirs=[numpy.get_include()].

De plus, vous manquez np.import_array()dans votre code.

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Exemple setup.py:

from distutils.core import setup, Extension
from Cython.Build import cythonize
import numpy

setup(
    ext_modules=[
        Extension("my_module", ["my_module.c"],
                  include_dirs=[numpy.get_include()]),
    ],
)

# Or, if you use cythonize() to make the ext_modules list,
# include_dirs can be passed to setup()

setup(
    ext_modules=cythonize("my_module.pyx"),
    include_dirs=[numpy.get_include()]
)    

Pour un projet à un fichier comme le vôtre, une autre alternative consiste à utiliser pyximport. Vous n'avez pas besoin de créer un setup.py... vous n'avez même pas besoin d'ouvrir une ligne de commande si vous utilisez IPython ... c'est très pratique. Dans votre cas, essayez d'exécuter ces commandes en IPython ou dans un script Python normal:

import numpy
import pyximport
pyximport.install(setup_args={"script_args":["--compiler=mingw32"],
                              "include_dirs":numpy.get_include()},
                  reload_support=True)

import my_pyx_module

print my_pyx_module.some_function(...)
...

Vous devrez peut-être modifier le compilateur bien sûr. Cela fait que l'importation et le rechargement fonctionnent de la même manière pour les .pyxfichiers que pour.py fichiers.

Source: http://wiki.cython.org/InstallingOnWindows

L'erreur signifie qu'un fichier d'en-tête numpy n'est pas trouvé lors de la compilation.

Essayez de faire export CFLAGS=-I/usr/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/include/, puis compilez. C'est un problème avec quelques packages différents. Il y a un bogue déposé dans ArchLinux pour le même problème: https://bugs.archlinux.org/task/22326

Réponse simple

Un moyen plus simple consiste à ajouter le chemin d'accès à votre fichier distutils.cfg. Son nom de chemin de Windows 7 est par défaut C:\Python27\Lib\distutils\. Vous venez d'affirmer le contenu suivant et cela devrait fonctionner:

[build_ext]
include_dirs= C:\Python27\Lib\site-packages\numpy\core\include

Fichier de configuration complet

Pour vous donner un exemple à quoi le fichier de configuration pourrait ressembler, mon fichier entier se lit comme suit:

[build]
compiler = mingw32

[build_ext]
include_dirs= C:\Python27\Lib\site-packages\numpy\core\include
compiler = mingw32

Il devrait être capable de le faire dans la cythonize()fonction mentionnée ici , mais cela ne fonctionne pas car il y a un problème connu

Si vous êtes trop paresseux pour écrire des fichiers de configuration et déterminer le chemin des répertoires d'inclusion, essayez cyper . Il peut compiler votre code Cython et définir include_dirsautomatiquement Numpy.

Chargez votre code dans une chaîne, puis exécutez simplement cymodule = cyper.inline(code_string), puis votre fonction est disponible cymodule.sparsemakerinstantanément. Quelque chose comme ça

code = open(your_pyx_file).read()
cymodule = cyper.inline(code)

cymodule.sparsemaker(...)
# do what you want with your function

Vous pouvez installer cyper via pip install cyper.