Je souhaite rechercher les fichiers qui se terminent par _peaks.bed, mais excluent les fichiers des dossiers tmpet scripts.

Ma commande est comme ceci:

 find . -type f \( -name "*_peaks.bed" ! -name "*tmp*" ! -name "*scripts*" \)

Mais ça n'a pas marché. Les fichiers dans tmpet le scriptdossier seront toujours affichés.

Quelqu'un a-t-il des idées à ce sujet?

Voici comment vous pouvez spécifier cela avec find:

find . -type f -name "*_peaks.bed" ! -path "./tmp/*" ! -path "./scripts/*"

Explication:

• find . - Lancer la recherche à partir du répertoire de travail actuel (récursivement par défaut)
• -type f- Précisez findque vous ne voulez que des fichiers dans les résultats
• -name "*_peaks.bed" - Recherchez les fichiers dont le nom se termine par _peaks.bed
• ! -path "./tmp/*" - Exclure tous les résultats dont le chemin commence par ./tmp/
• ! -path "./scripts/*" - Exclure également tous les résultats dont le chemin commence par ./scripts/

Tester la solution:

$ mkdir a b c d e
$ touch a/1 b/2 c/3 d/4 e/5 e/a e/b
$ find . -type f ! -path "./a/*" ! -path "./b/*"

./d/4
./c/3
./e/a
./e/b
./e/5

Vous étiez assez proche, l' -nameoption ne considère que le nom de base, où comme -pathconsidère le chemin complet =)

Voici une façon de le faire ...

find . -type f -name "*_peaks.bed" | egrep -v "^(./tmp/|./scripts/)"

Utilisation

find \( -path "./tmp" -o -path "./scripts" \) -prune -o  -name "*_peaks.bed" -print

ou

find \( -path "./tmp" -o -path "./scripts" \) -prune -false -o  -name "*_peaks.bed"

ou

find \( -path "./tmp" -path "./scripts" \) ! -prune -o  -name "*_peaks.bed"

L'ordre est important. Il évalue de gauche à droite. Commencez toujours par l'exclusion de chemin.

Explication

N'utilisez pas -not(ou !) pour exclure tout le répertoire. Utilisez -prune. Comme expliqué dans le manuel:

−prune    The primary shall always evaluate as  true;  it
          shall  cause  find  not  to descend the current
          pathname if it is a directory.  If  the  −depth
          primary  is specified, the −prune primary shall
          have no effect.

et dans le manuel de recherche de GNU:

-path pattern
              [...]
              To ignore  a  whole
              directory  tree,  use  -prune rather than checking
              every file in the tree.

En effet, si vous utilisez -not -path "./pathname", find évaluera l'expression pour chaque nœud sous"./pathname" .

Les expressions find ne sont que des évaluations de conditions.

• \( \) - fonctionnement des groupes (vous pouvez utiliser -path "./tmp" -prune -o -path "./scripts" -prune -o , mais c'est plus verbeux).
• -path "./script" -prune- si -pathretourne true et est un répertoire, renvoie true pour ce répertoire et ne le fait pas descend dedans.
• -path "./script" ! -prune- il évalue comme (-path "./script") AND (! -prune). Cela change le "toujours vrai" du pruneau en toujours faux. Cela évite d'imprimer "./script"en correspondance.
• -path "./script" -prune -false- puisque -prunerenvoie toujours vrai, vous pouvez le suivre avec -falsepour faire la même chose que !.
• -o- Opérateur OR. Si aucun opérateur n'est spécifié entre deux expressions, la valeur par défaut est l'opérateur AND.

Par conséquent, \( -path "./tmp" -o -path "./scripts" \) -prune -o -name "*_peaks.bed" -printest étendu à:

[ (-path "./tmp" OR -path "./script") AND -prune ] OR ( -name "*_peaks.bed" AND print )

L'impression est ici importante car sans elle est étendue à:

{ [ (-path "./tmp" OR -path "./script" )  AND -prune ]  OR (-name "*_peaks.bed" ) } AND print

-printest ajouté par find - c'est pourquoi la plupart du temps, vous n'avez pas besoin de l'ajouter dans votre expression. Et puisque -prunerenvoie true, il affichera "./script" et "./tmp".

Ce n'est pas nécessaire dans les autres car nous avons basculé -prune pour toujours retourner faux.

Astuce: vous pouvez utiliser find -D opt expr 2>&1 1>/dev/nullpour voir comment il est optimisé et développé,
find -D search expr 2>&1 1>/dev/nullpour voir quel chemin est vérifié.

Essayez quelque chose comme

find . \( -type f -name \*_peaks.bed -print \) -or \( -type d -and \( -name tmp -or -name scripts \) -and -prune \)

et ne soyez pas trop surpris si je me trompe un peu. Si l'objectif est un exécutable (au lieu d'imprimer), remplacez-le simplement.

pour moi, cette solution n'a pas fonctionné sur un exécutable de commande avec find, je ne sais pas vraiment pourquoi, donc ma solution est

find . -type f -path "./a/*" -prune -o -path "./b/*" -prune -o -exec gzip -f -v {} \;

Explication: identique à sampson-chen one avec les ajouts de

-prune - ignore le chemin de procédure de ...

-o - Ensuite, si aucune correspondance ne correspond, imprimez les résultats, (élaguez les répertoires et imprimez les résultats restants)

18:12 $ mkdir a b c d e
18:13 $ touch a/1 b/2 c/3 d/4 e/5 e/a e/b
18:13 $ find . -type f -path "./a/*" -prune -o -path "./b/*" -prune -o -exec gzip -f -v {} \;

gzip: . is a directory -- ignored
gzip: ./a is a directory -- ignored
gzip: ./b is a directory -- ignored
gzip: ./c is a directory -- ignored
./c/3:    0.0% -- replaced with ./c/3.gz
gzip: ./d is a directory -- ignored
./d/4:    0.0% -- replaced with ./d/4.gz
gzip: ./e is a directory -- ignored
./e/5:    0.0% -- replaced with ./e/5.gz
./e/a:    0.0% -- replaced with ./e/a.gz
./e/b:    0.0% -- replaced with ./e/b.gz

Vous pouvez essayer ci-dessous:

find ./ ! \( -path ./tmp -prune \) ! \( -path ./scripts -prune \) -type f -name '*_peaks.bed'