Comment sélectionner un miroir CRAN dans R

J'essaie d'installer un package via l'invite R en procédant comme suit:

install.packages('RMySQL')

Mais le résultat est le suivant:

--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---

Et rien d'autre! Je ne trouve pas de solution à ce problème très basique. Que dois-je taper pour sélectionner un miroir CRAN?

ÉDITER:

Système d'exploitation: Mac-OS X 10.6.8 R Version: 2.15.0

Vous devriez obtenir une fenêtre avec une liste de référentiels ou un menu texte avec quelques options. Mais si cela n'apparaît pas, vous pouvez toujours spécifier le miroir d'où télécharger les packages vous-même en utilisant le reposparamètre. En faisant cela, R ne vous posera plus de questions sur le référentiel. Exemple:

install.packages('RMySQL', repos='http://cran.us.r-project.org')

Voici une liste de miroirs pour R.

Voici ce que je fais, qui vient directement de la example(Startup)page:

## Default repo
local({r <- getOption("repos")
       r["CRAN"] <- "http://cran.r-project.org" 
       options(repos=r)
})

qui est en ~/.Rprofile.

Edit: Comme nous sommes maintenant en 2018, nous pouvons ajouter que ces dernières années, l'URL "https://cloud.r-project.org"a été préférable car elle reflète a) un accès https et b) un CDN "toujours proche de vous".

Je suis fan de:

chooseCRANmirror()

Ce qui imprimera la liste des miroirs dans la sortie (pas de soucis pour une fenêtre popup puisque vous l'exécutez depuis le terminal) et ensuite vous entrez le numéro que vous voulez.

J'utilise la solution ~ / .Rprofile suggérée par Dirk, mais je voulais juste souligner que

chooseCRANmirror(graphics=FALSE)

semble être la chose sensée à faire au lieu de

chooseCRANmirror(81)

, qui peut fonctionner, mais qui implique le nombre magique 81 (ou peut-être que c'est une façon subtile de promouvoir le tourisme à 81 = Royaume-Uni (Bristol) :-))

L'écran de sélection du référentiel ne peut pas être affiché sur votre système (OS X), car OS X n'inclut plus X11. R essaie de vous montrer l'invite via X11. Installez X11 depuis http://xquartz.macosforge.org/landing/ . Exécutez ensuite la commande d'installation. L'invite de sélection de repo s'affiche.

j'ai utilisé

chooseCRANmirror(81)

il vous invite à sélectionner le pays. Ensuite, vous pouvez faire une sélection en tapant le code miroir du pays spécifié ici.

Si vous avez besoin de définir le miroir de manière non interactive (par exemple en effectuant une installation de rbundler dans un script de déploiement), vous pouvez le faire de cette manière:

Exécutez d'abord manuellement:

chooseCRANmirror()

Choisissez le numéro de miroir qui vous convient le mieux et souvenez-vous-en. Puis pour automatiser la sélection:

R -e 'chooseCRANmirror(graphics=FALSE, ind=87);library(rbundler);bundle()'

Où 87 est le numéro du miroir que vous souhaitez utiliser. Cet extrait de code installe également le rbundle pour vous. Vous pouvez omettre cela si vous le souhaitez.

Un menu déroulant devrait apparaître pour que vous puissiez sélectionner (ou vous obtiendrez un tas de nombres à choisir), que vous utilisiez R dans le terminal ou un IDE tel que RStudio. Ceci est pris en charge sur Windows, Mac OS et la plupart des systèmes Linux. Cependant, cela peut nécessiter une configuration supplémentaire ou des dépendances telles que X-windows.

Pour activer X-windows lors de l'utilisation de l'accès à distance, utilisez les -XYindicateurs suivants :

ssh -XY username@server.domain

Il existe souvent un référentiel par défaut, mais cela peut être spécifié si vous rencontrez un problème, tel que l'exécution de scripts ou Rmarkdown / knitr. Vous pouvez utiliser lerepo opset le miroir ou le référentiel pour CRAN chaque fois que vous installez avec:

install.packages("package", repo="<your.nearest.mirror>")

Il est conseillé d'utiliser le miroir le plus proche de votre emplacement pour des téléchargements plus rapides. Par exemple:

install.packages("RMySQL", repos="https://cran.stat.auckland.ac.nz/")

Vous pouvez également définir l' reposoption dans votre session afin que vous n'en ayez besoin qu'une seule fois par session interactive (ou script). Vous pouvez vérifier sirepos est configuré avec:

options(repos)

Si vous obtenez "Error in options(repos) : object 'repos' not found" vous pouvez définir l'option de référentiel. Par exemple:

options(repos = "https://cran.stat.auckland.ac.nz/")

Ensuite, cela devrait fonctionner pour installer les packages comme d'habitude. Par exemple:

install.packages("RMySQL")

Comme mentionné par d'autres, vous pouvez configurer le référentiel dans votre .Rprofilefichier et que ce travail fonctionne sur tous vos scripts. C'est à vous de décider si vous préférez ces options "globales" sur votre système ou les options "locales" dans votre session ou script. Ces options "locales" prennent plus de temps à utiliser chaque session, mais ont l'avantage de permettre à d'autres utilisateurs d'utiliser vos scripts s'ils ne disposent pas du vôtre .Rprofile.

J'avais, sur macOS, la chose exacte que vous dites: une invite `` veuillez sélectionner '', puis rien de plus.

Après avoir ouvert (et mis à jour; je ne sais pas si c'était pertinent) X-Quartz, puis redémarré R et essayé à nouveau, j'ai eu une liste de miroirs X-window à choisir après quelques secondes. C'était plus rapide la troisième fois.

Vous pouvez également désactiver tous les menus graphiques en exécutant ceci ou en le plaçant dans votre Rprofile

options(menu.graphics = FALSE)

Ajouter dans ~/.Rprofile

local({r <- getOption("repos")
    r["CRAN"] <- "mirror_site"  #for example, https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/
    options(repos=r)
    options(BioC_mirror="bioc_mirror_site") #if using biocLite
})