Je suis en train de comprendre comment utiliser mon cluster universitaire. Il a 2 versions de R installées. R 2.11 (Debian 6.0) et R 2.14.2 à l'échelle du système dans un emplacement non standard.
J'essaie d'utiliser MPI avec de la neige. Le code que j'essaie d'exécuter est le suivant
library(snow)
library(Rmpi)
cl <- makeMPIcluster(mpi.universe.size()-1)
stopCluster(cl)
mpi.quit()
Cela fonctionne sans les problèmes sur R 2.11. (Je lance le script avec mpirun -H localhost,n1,n2,n3,n4 -n 1 R --slave -f code.R
). Maintenant, quand j'essaie de le faire avec R 2.14.2, je reçois le message suivant:
Error: This is R 2.11.1, package 'snow' needs >= 2.12.1
In addition: Warning message:
Il semble donc que R charge la version snow du package compilée pour R 2.11. J'ai installé snow sous R 2.14 dans mon dossier personnel et j'ai ajouté les lignes suivantes à mon code:
.libPaths("/soft/R/lib/R/library")
.libPaths("~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.11")
print(.libPaths())
print(sessionInfo())
print(version)
Et la sortie avant l'erreur confirme que j'exécute bien R 2.14.2 et mon dossier de packages R est d'abord dans le chemin de recherche. Mais je reçois toujours l'erreur.
Ma question est donc de savoir comment déterminer la version du package chargée dans R? Je peux voir avec installed.packages
tous les packages installés, alors peut-être qu'il y a une fonction qui répertorie des informations similaires pour les packages chargés?