Factorisez le code commun dans un fichier R séparé, puis source ce fichier R dans chaque fichier Rmd dans lequel vous le souhaitez.
Donc, par exemple, disons que j'ai deux rapports à faire, les épidémies de grippe et l'analyse des armes à feu et du beurre. Naturellement, je créerais deux documents Rmd et j'en aurais terminé.
Supposons maintenant que le patron vienne et veuille voir les variations des épidémies de grippe par rapport aux prix du beurre (en contrôlant les munitions de 9 mm).
- Copier et coller le code pour analyser les rapports dans le nouveau rapport est une mauvaise idée pour la réutilisation du code, etc.
- Je veux que ça soit joli.
Ma solution était de factoriser le projet dans ces fichiers:
- Flu.Rmd
- Guns_N_Butter.Rmd
- guns_data_import.R
- butter_data_import.R
dans chaque fichier Rmd, j'aurais quelque chose comme:
```{r include=FALSE}
source('flu_data_import.R')
```
Le problème ici est que nous perdons la reproductibilité. Ma solution à cela est de créer un document enfant commun à inclure dans chaque fichier Rmd. Donc à la fin de chaque fichier Rmd que je crée, j'ajoute ceci:
```{r autodoc, child='autodoc.Rmd', eval=TRUE}
```
Et, bien sûr, autodoc.Rmd:
Source Data & Code
----------------------------
<div id="accordion-start"></div>
```{r sourcedata, echo=FALSE, results='asis', warnings=FALSE}
if(!exists(autodoc.skip.df)) {
autodoc.skip.df <- list()
}
#Generate the following table:
for (i in ls(.GlobalEnv)) {
if(!i %in% autodoc.skip.df) {
itm <- tryCatch(get(i), error=function(e) NA )
if(typeof(itm)=="list") {
if(is.data.frame(itm)) {
cat(sprintf("### %s\n", i))
print(xtable(itm), type="html", include.rownames=FALSE, html.table.attributes=sprintf("class='exportable' id='%s'", i))
}
}
}
}
```
```{r allsource, echo=FALSE, results='asis', warning=FALSE, cache=FALSE}
fns <- unique(c(compact(llply(.data=llply(.data=ls(all.names=TRUE), .fun=function(x) {a<-get(x); c(normalizePath(getSrcDirectory(a)),getSrcFilename(a))}), .fun=function(x) { if(length(x)>0) { x } } )), llply(names(sourced), function(x) c(normalizePath(dirname(x)), basename(x)))))
for (itm in fns) {
cat(sprintf("#### %s\n", itm[2]))
cat("\n```{r eval=FALSE}\n")
cat(paste(tryCatch(readLines(file.path(itm[1], itm[2])), error=function(e) sprintf("Could not read source file named %s", file.path(itm[1], itm[2]))), sep="\n", collapse="\n"))
cat("\n```\n")
}
```
<div id="accordion-stop"></div>
<script type="text/javascript">
```{r jqueryinclude, echo=FALSE, results='asis', warning=FALSE}
cat(readLines(url("http://code.jquery.com/jquery-1.9.1.min.js")), sep="\n")
```
</script>
<script type="text/javascript">
```{r tablesorterinclude, echo=FALSE, results='asis', warning=FALSE}
cat(readLines(url("http://tablesorter.com/__jquery.tablesorter.js")), sep="\n")
```
</script>
<script type="text/javascript">
```{r jqueryuiinclude, echo=FALSE, results='asis', warning=FALSE}
cat(readLines(url("http://code.jquery.com/ui/1.10.2/jquery-ui.min.js")), sep="\n")
```
</script>
<script type="text/javascript">
```{r table2csvinclude, echo=FALSE, results='asis', warning=FALSE}
cat(readLines(file.path(jspath, "table2csv.js")), sep="\n")
```
</script>
<script type="text/javascript">
$(document).ready(function() {
$('tr').has('th').wrap('<thead></thead>');
$('table').each(function() { $('thead', this).prependTo(this); } );
$('table').addClass('tablesorter');$('table').tablesorter();});
//need to put this before the accordion stuff because the panels being hidden makes table2csv return null data
$('table.exportable').each(function() {$(this).after('<a download="' + $(this).attr('id') + '.csv" href="data:application/csv;charset=utf-8,'+encodeURIComponent($(this).table2CSV({delivery:'value'}))+'">Download '+$(this).attr('id')+'</a>')});
$('#accordion-start').nextUntil('#accordion-stop').wrapAll("<div id='accordion'></div>");
$('#accordion > h3').each(function() { $(this).nextUntil('h3').wrapAll("<div>"); });
$( '#accordion' ).accordion({ heightStyle: "content", collapsible: true, active: false });
</script>
NB, ceci est conçu pour le workflow Rmd -> html. Ce sera un désordre laid si vous optez pour du latex ou autre chose. Ce document Rmd recherche dans l'environnement global tous les fichiers ed source () et inclut leur source à la fin de votre document. Il inclut jquery ui, tablesorter et configure le document pour qu'il utilise un style accordéon pour afficher / masquer les fichiers source. C'est un travail en cours, mais n'hésitez pas à l'adapter à vos propres usages.
Pas un one-liner, je sais. J'espère que cela vous donne au moins des idées :)
Rmdfichier. Mais vous souhaitez également générer d'autresmarkdownfichiers dans un fichier en cours de tricotage?