Comment créer une matrice de corrélation dans R?

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J'ai 92 ensembles de données du même type.

Je veux rendre possible une matrice de corrélation pour n'importe quelle combinaison de deux.

c'est à dire je veux une matrice de 92 x92.

tel que l'élément (ci, cj) devrait être une corrélation entre ci et cj.

Comment je fais ça?

r matrix visualization correlation

— Swapnil 'Tux' Takle
source

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Jetez un œil à la corfonction, ou à la rcorrfonction dans le Hmiscpackage

— Manuel Ramón

Je suis capable de trouver le cor entre deux paramètres. La chose est de savoir comment les organiser en matrice?

— Swapnil 'Tux' Takle

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Comment diable cela a-t-il obtenu autant de votes positifs?

— Fund Monica's Lawsuit

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Un exemple,

 d <- data.frame(x1=rnorm(10),
                 x2=rnorm(10),
                 x3=rnorm(10))
cor(d) # get correlations (returns matrix)

— Manuel Ramón
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Vous pouvez utiliser le package «corrplot».

d <- data.frame(x1=rnorm(10),
                 x2=rnorm(10),
                 x3=rnorm(10))
M <- cor(d) # get correlations

library('corrplot') #package corrplot
corrplot(M, method = "circle") #plot matrix

entrez la description de l'image ici

Plus d'informations ici: http://cran.r-project.org/web/packages/corrplot/vignettes/corrplot-intro.html

— Jot eN
source

Est-il possible d'obtenir le graphe similaire à ceux-ci cran.r-project.org/web/packages/corrplot/vignettes/... , ou une simple matrice, mais avec le R-carré au lieu de la corrélation de Pearson, Kendall ou Spearman?

— FraNut

R2 est égal au carré du coefficient de corrélation de Pearson. Il vous suffit donc de multiplier M par M (multiplier la matrice de corrélation par elle-même), avant de créer le graphique.

— Jot eN

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La fonction cor utilisera les colonnes de la matrice dans le calcul de la corrélation. Ainsi, le nombre de lignes doit être le même entre votre matrice x et votre matrice y . Ex.:

set.seed(1)
x <- matrix(rnorm(20), nrow=5, ncol=4)
y <- matrix(rnorm(15), nrow=5, ncol=3)
COR <- cor(x,y)
COR
image(x=seq(dim(x)[2]), y=seq(dim(y)[2]), z=COR, xlab="x column", ylab="y column")
text(expand.grid(x=seq(dim(x)[2]), y=seq(dim(y)[2])), labels=round(c(COR),2))

entrez la description de l'image ici

Éditer:

Voici un exemple d'étiquettes de ligne et de colonne personnalisées sur une matrice de corrélation calculée avec une seule matrice:

png("corplot.png", width=5, height=5, units="in", res=200)
op <- par(mar=c(6,6,1,1), ps=10)
COR <- cor(iris[,1:4])
image(x=seq(nrow(COR)), y=seq(ncol(COR)), z=cor(iris[,1:4]), axes=F, xlab="", ylab="")
text(expand.grid(x=seq(dim(COR)[1]), y=seq(dim(COR)[2])), labels=round(c(COR),2))
box()
axis(1, at=seq(nrow(COR)), labels = rownames(COR), las=2)
axis(2, at=seq(ncol(COR)), labels = colnames(COR), las=1)
par(op)
dev.off()

— Marc dans la boîte
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L'exemple de @Manuel Ramón est probablement le meilleur pour votre cas (une seule matrice) - organisez vos ensembles de données sous forme de colonnes.

— Marc dans la boîte

dans l'image ci-dessus, comment peut-on «inverser» les couleurs, la corrélation du rouge est-elle proche de -1 ou 1 et du blanc proche de 0?

— tagoma

image(x=seq(dim(x)[2]), y=seq(dim(y)[2]), z=COR, col=rev(heat.colors(20)), xlab="x column", ylab="y column")

— Marc dans la boîte

@Marcinthebox comment ajouteriez-vous des étiquettes de variables aux axes x et y (au lieu de nombres)? Merci

— Agustín Indaco

@ AgustínIndaco - J'ai mis à jour ma réponse avec un autre exemple. La imagefonction ne prend pas automatiquement les noms de ligne et de colonne, cela doit donc être ajouté.

— Marc dans la boîte le

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Jetez un œil à qtlcharts . Il vous permet de créer des matrices de corrélation interactives :

library(qtlcharts)
data(iris)
iris$Species <- NULL
iplotCorr(iris, reorder=TRUE)

C'est plus impressionnant lorsque vous corrélez plus de variables, comme dans la vignette du package:

— epo3
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Il existe d'autres moyens d'y parvenir ici: ( Tracez la matrice de corrélation dans un graphique ), mais j'aime bien votre version avec les corrélations dans les cases. Existe-t-il un moyen d'ajouter les noms de variables à la colonne x et y au lieu de simplement ces numéros d'index? Pour moi, cela en ferait une solution parfaite. Merci!

edit: J'essayais de commenter le message de [Marc dans la boîte], mais je ne sais clairement pas ce que je fais. Cependant, j'ai réussi à répondre à cette question pour moi-même.

si d est la matrice (ou le bloc de données d'origine) et que les noms de colonnes sont ce que vous voulez, alors les opérations suivantes:

axis(1, 1:dim(d)[2], colnames(d), las=2)
axis(2, 1:dim(d)[2], colnames(d), las=2)

las = 0 retournait les noms à leur position normale, les miens étaient longs, j'ai donc utilisé las = 2 pour les rendre perpendiculaires à l'axe.

edit2: pour supprimer la fonction image () en imprimant les nombres sur la grille (sinon ils chevauchent vos étiquettes de variables), ajoutez xaxt = 'n', par exemple:

image(x=seq(dim(x)[2]), y=seq(dim(y)[2]), z=COR, col=rev(heat.colors(20)), xlab="x column", ylab="y column", xaxt='n')

— TSeymour
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