flux de travail zotero dans emacs?


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Existe-t-il une fonctionnalité que les gens utilisent pour exporter du texte brut vers emacs orgmode dans le cadre de leur flux de recherche afin d'organiser leurs liens et annotations? J'ai entendu dire que le zotxt est utile, est-ce que quelqu'un a des opinions à ce sujet ou quelque chose de mieux?

Réponses:


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Il n'y a pas un seul outil, mais il existe de nombreux packages qui pourraient être utiles si vous utilisez Zotero et Emacs côte à côte. Il existe différents didacticiels en ligne qui discutent de la configuration de combinaisons de ceux-ci au goût de l'auteur

Plutôt que de les répéter, je vais essayer de donner un aperçu, car il n'est pas complètement clair à partir de votre question ce que vous aimeriez faire.

"Workflow de recherche"

Considérez d'abord que le "flux de travail de recherche", en ce qui concerne la littérature de recherche, comporte différentes étapes, telles que:

  1. Ajout d'éléments bibliographiques (articles, livres, etc.)
  2. Modification des données bibliographiques des éléments
  3. Marquage, regroupement et liaison d'éléments
  4. Gestion des fichiers (par exemple PDF) associés aux éléments
  5. Création de notes sur des éléments
  6. Recherche de données bibliographiques et de notes
  7. Insertion de citations dans des documents lors de la rédaction (vos propres articles)
  8. Résolution des citations en références, notes de bas de page et bibliographies en ligne pour publication

Dans Zotero "standard", Zotero fait 1 à 6 et le plug-in de traitement de texte Zotero fait 7 et 8.

Je suggère de réfléchir d'abord à ce que vous voulez qu'Emacs fasse et à ce que vous aimez chez Zotero. Vous pouvez gérer des bibliographies et rédiger des articles scientifiques entièrement dans Emacs; beaucoup de gens le font. Au lieu de la base de données de Zotero, les informations bibliographiques sont stockées dans un .bibfichier Bib (La) Tex ( ) et des citations sont ajoutées aux fichiers LaTeX, org ou markdown.

Mais à mon avis, Zotero a des atouts particuliers à 1-4 (ajout et gestion de données) et à 6 (il a un outil de recherche très rapide et puissant). L'annotation (5) est relativement faible, car l'éditeur de texte simple est inconfortable si vous êtes habitué à Emacs. Et si vous créez vos propres articles dans Emacs, vous avez besoin de quelque chose qui effectue les tâches 7 et 8.

Quelques packages

Importer des données dans emacs

Si vous utilisez Emacs côte à côte avec Zotero, Emacs a besoin d'un moyen de voir ce que vous avez dans votre base de données. La meilleure façon de procéder consiste à exporter un .bibfichier, pour lequel le format Emacs est largement pris en charge, à partir de Zotero.

Cela peut être fait manuellement, mais des packages comme zoteloou fork emacs-zotero-bib-fetchvous permettront de garder rapidement le .bibfichier à jour depuis Emacs. zotelonécessite Mozrepl, qui n'est actuellement pas pris en charge par Firefox Quantum, donc je recommande d'utiliser emacs-zotero-bib-fetch.

Affichage des données dans emacs

Une fois que vous avez un .bibfichier, le package intégré reftex, ainsi que org-refet helm-bibtexvous permettra de rechercher vos données bibliographiques. L'un ou les deux de ces derniers packages sont susceptibles d'être très utiles; ils font un certain nombre de tâches de la liste ci-dessus, y compris des installations pour prendre des notes.

PDF et annotation

helm-bibtexest particulièrement intelligent pour trouver des PDF liés à des éléments bibliographiques, que vous pouvez ensuite ouvrir dans Emacs. pdf-toolsest une excellente visionneuse PDF alternative dans Emacs. Il vous permet de visualiser et de créer des annotations dans le fichier PDF. Si vous aimez utiliser les fichiers PDF de cette façon, l' zotfileextension pour Zotero peut extraire automatiquement les annotations dans une note Zotero.

Fichiers de notes

helm-bibtexet les org-refpackages ont tous deux la possibilité d'ajouter des notes aux éléments bibliographiques. Ceux-ci sont stockés sous forme de fichiers org.

Une fois que j'ai terminé mes notes sur un élément, je fais C-c C-e h opour exporter une version HTML et copier et coller ce retour dans Zotero en tant que note afin qu'il soit consultable. Je n'ai pas trouvé de moyen plus simple de le faire.

Insertion et résolution de citations lors de l'écriture

Cela dépend en partie du format que vous écrivez (org, reftex, démarque) et en partie du format que vous souhaitez à la fin (PDF, HTML).

Encore une fois, à la fois helm-bibtexet org-refainsi que reftexpermettre l' insertion de citations dans des documents que vous écrivez l' un de ces types.

En supposant que vous écrivez dans org, il existe (pas encore) une syntaxe de citation standard, mais org-ref en fournit une. D'autres personnes utilisent simplement les commandes de citation LaTeX directement dans org.

Si votre objectif de sortie principal est le PDF, alors org-modela propre exportation (via LaTeX) est probablement la voie la plus simple.

Vous mentionnez zotxt; Je ne l'ai pas utilisé, mais il semble que ce soit un outil pour résoudre et formater des citations dans des fichiers en texte brut, y compris le support de pandoc. Pandoc démarquage n'ont un format de norme de référence et de soutien pour la résolution et le formatage bibliographies ( en utilisant CSL). Pandoc peut être préférable si vous souhaitez exporter principalement vers plusieurs formats (par exemple HTML, démarque).


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En général, j'utilise le mode organisationnel d' emacs pour organiser des projets, des tâches et des idées, mais Zotero est utile pour stocker des ressources telles que des PDF / sites Web, etc. lors de la recherche de quelque chose. Pour combiner les deux, il est agréable de pouvoir se connecter du mode organisationnel à l'emplacement dans Zotero où se trouve une ressource.

Ce billet de blog décrit un moyen d'obtenir des URL Zotero qui fonctionnent assez bien:

  1. Enregistrez le fichier Zotero Select Item.js dans le translatorsdossier de votre répertoire de données Zotero .
  2. Redémarrez Zotero
  3. Ouvrez l' élément de menu Edition -> Préférences et choisissez l' onglet Exporter .
  4. Définissez le format par défaut sur Zotero Select Item (vers la fin de la liste), puis cliquez sur le bouton OK.

Désormais, chaque fois que vous visualisez un élément dans Zotero, si vous appuyez sur Ctrl+Alt+C(ou Cmd+Shift+Csur un Mac), une URL sera copiée dans le presse-papiers. Cette URL fait référence à un élément dans Zotero et ouvrira Zotero pour afficher l'élément. L'URL peut être collée dans un fichier en mode organisation (ou tout autre type de document).

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