Habituellement, votre masque en pâte n'exposerait pas les trous traversants. La raison pour laquelle je n'ai pas développé davantage, c'est parce que j'ai interprété la question comme n'étant pas aussi nuancée que certains des autres qui ont choisi de répondre.
Élaboration (à la demande générale), lorsque vous concevez un PCB dans pratiquement n'importe quel package de CAO électrique moderne (Eagle, KiCAD, Mentor Graphic, Altium, Cadence, Zuken, etc.), la dernière étape (*) avant d'envoyer votre carte pour être produit est de générer le "dessin de calque" (alias fichiers Gerber) que le fabricant de PCB peut utiliser pour construire votre carte.
L'une de ces couches sera la couche Coller (aka Crème) pour le côté supérieur (aka Composant) et une pour le côté inférieur (aka Soudure) de la carte. Ces deux couches sont sans valeur pour le fabricant de PCB. Ils sont cependant intéressants pour quiconque fait votre assemblage de PCB, car ils utiliseront généralement ces fichiers pour faire un pochoir sur lequel la pâte à souder peut être glissée pour déposer la pâte à souder sur tous les plots exposés où les composants seront placés (souvent par une machine Pick and Place, mais peut également être à la main pour les petits modèles / volumes) avant de passer par un processus de refusion contrôlé par profil de température. Presquejamais (en 2019), je dirais, les plots traversants (où vos composants traversants seront éventuellement remplis) exposés dans ce pochoir à souder, et donc aucune soudure ne sera déposée sur ces plots, et il y a très peu risque de soudure qui coule à l'intérieur ou dans les trous associés lors de la refusion.
Le risque de refusion est encore atténué par une autre de ces couches Gerber, appelée la couche Masque de soudure. Lors de la fabrication de PCB, cette couche agit un peu comme un autre pochoir pour définir où ne pas appliquer une couche de film qui est phobique à la soudure (elle ne s'y adhérera pas). Habituellement, les plots traversants et les plots de montage en surface sont exposés à travers la couche de masque de soudure, et l'exposition du masque de soudure est un tout petit peu plus grande que le solde afin que vous puissiez souder les composants au PCB avec de la pâte à souder appliquée et de la soudure à la main .
En raison de ces deux facteurs, il est probable que vous ne rencontrerez probablement aucun problème, tout d'abord en refusion SMD, puis en remplissant et en soudant des pièces traversantes.
(*) De nombreux fabricants acceptent de nos jours un fichier de conception native à partir de ces outils (par exemple le fichier .brd d'Eagle) et synthétisent eux-mêmes les artefacts Gerber. Je trouve que c'est une bonne idée de le faire pour moi-même de toute façon et de revoir les Gerbers pour moi-même dans une visionneuse Gerber, mais en fonction de votre confiance en votre fabricant, cela pourrait être considéré comme de la «vieille école».